用MS软件计算珠子溶解度参数-郑-2010-06-03.doc

用MS软件计算珠子溶解度参数 郑灵姗 2010-6-1 摘要：以MMA珠子为例子，详细介绍如何用MS软件得到珠子的溶解度参数，然后计算珠子之间的相互作用参数。 1，粗粒化过程 模拟体系包含聚合物P（MMA-co-MAA）-b-PPEGMA，药物紫杉醇PTX和水。粗粒化过程如图1所示： P（MMA-co-MAA）-b-PPEGMA MMA MAA PEG MAA PTX PTX1 PTX2 PTX3 水 图1 P（MMA-co-MAA）-b-PPEGMA、PTX和水的粗粒化过程 2，计算溶解度参数 本节将以MMA珠子为例，详细介绍如何用Amorphous Cell方法得到珠子的溶解度参数。步骤大体如下：①画出珠子的3D结构；②用Discover→Minimizer进行能量最小化；③用DMOl3→alculation进行优化；④用Amorphous Cell→onstruction构造体系；⑤用Discover→Minimizer进行体系能量最小化；⑥用Discover→Dynamics计算体系密度；⑦将得到的密度代入Amorphous Cell→Construction中，重复⑤⑥→Analysis得到溶解度参数。 2.1用3D Atomistic Document画MMA珠子的3D结构 运行MS Modeling并且生成一个新的3D文档，借助工具栏中的以下工具完成结构绘制，得到结构如图2所示。（白球代表H，灰球代表C，红球代表O，蓝球代表N，以下类似的图采用相同的指代。） 图2 MMA珠子的3D结构图 2.2用Discover→Minimizer进行能量最小化Discover→Minimizer帮助优化结构，以达到能量最小化。参数设定如下所示。任务完成后，在左侧Project栏将出现如下文件：MMA.xsd, MMA Energies.xcd, Status.txt, MMA.inp和 MMA.out。由于Maximum iterations太小，因此没有出现MMA Energies.xcd和Status.txt文档。从MMA.out文件中得到能量从219.602570降到25.422844。可改变步数，重复进行一次，观察能量是否降低。一般20000步即可。MMA珠子能量优化后的结构如图3所示。 图3 MMA珠子能量优化后的结构 2.3用DMOl3→alculation进行优化DMOl3→Calculation帮助得到稳定的几何结构，与实际结构接近。参数设定如下所示。任务完成后，在左侧Project栏将出现如下文件：MMA.xsd, MMA.inp, Status.txt, MMA Convergence.xcd, MMA Energies.xcd, MMA.xtd和MMA.outmol。MMA几何优化后的结构如图4所示。Energy图谱如图5所示。可以看到，随着优化步数的增加，能量先急剧降低，后逐渐趋于平稳。 图4 MMA几何优化后的结构 图5 MMA用Dmol3→Calculation进行几何优化得到的Energy随优化步数变化图 2.4用Amorphous Cell→onstruction构造体系Amorphous Cell→Construction构造体系用Discover→Minimizer进行体系能量最小化用Discover→Dynamics计算体系密度Discover→Dynamics进行NPT和NVT动力学模拟，得到MMA体系密度。参数设定如下所示。任务完成后，在左侧Project栏将出现如下文件：MMA.xtd, SimulationEnergies.xcd, SimulationTemperature.xcd, Status.txt, MMA.inp和 MMA.out。从out文档中得到密度为：0.9307。能量随模拟步数变化如图9、10。从图中可以看出，势能、非键能均随着时间变化先急剧上升，后趋于平缓，且小范围内有起有伏。 图9 NPT动力学过程的能量随模拟步数变化图 图10 NVT动力学过程的能量随模拟步数变化图 2.7将得到的密度代入Amorphous Cell→Construction中，重复 图11 MMA体系的能量优化图 图12 NPT动力学过程的能量随模拟步数变化图 图13 NVT动力学过程的能量随模拟步数变化图 2.8用Amorpho