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一种新的三维氨基酸描述子及其在肽类药物QSAR中的应用.pdf
物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao)
January Acta Phys. Chim. Sin., 2007, 23(1) ：37-43 37
[Article]
一种新的三维氨基酸描述子及其在肽类药物QSAR 中的应用
建波 张生万
(山西大学化学化工学院, 太原 030006)
摘要： 从20种天然氨基酸197个GETAWAY指数经主成分分析得出一种新3D氨基酸描述子——
—VSGETAWAY
[vector of principal component scores for GETAWAY (geometry, topology and atom weights assembly)]. 将其应用于
、
48 个苦味活性二肽 31 个血管舒缓激肽促进剂和20 个促凝血酶原激酶抑制剂结构表征并以偏最小二乘(PLS)
对3 个体系建立定量构效关系(QSAR)模型, 得复相关系数(R 2 )与交互检验复相关系数(Q2 )分别为0.887 和
cum cum
0.753; 0.995 和0.708; 0.999 和0.802. 研究结果表明, VSGETAWAY 描述子操作简便、结构表 能力强, 有望成
为多肽药物QSAR研究中一种有效的结构表征方法.
关键词： 氨基酸； 肽； VSGETAWAY 描述子； 定量构效关系
中图分类号： O641
A New 3D Descriptor of Amino Acids and Its Application in Quantitative
Structure Activity Relationship of Peptide Drugs
TONG Jian Bo ZHANG Sheng Wan
(College of Chemistry and Chemical Engineering, Shanxi University, Taiyuan 030006, P. R. China)
Abstract ： A new descriptor, vector of principal component scores for GETAWAY index, was derived from a
principal components analysis of a matrix of 197 GETAWAY indexes of 20 natural amino acids. The scale was then
applied to construct three panels of polypeptide quantitative structure activity relationship (QSAR) based on partial
least squares (PLS) regression. The correlation coefficient (R 2 ) and cross validation correlation coefficient (Q 2 ) of
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