基于454高通量测序平台血液、呼吸道、消化道临床样本的快速检测.pdfVIP

中 国 医 药 指 南 2016 年 6 月第 14 卷 第 17 期 • 临床研究 • 39 基于454高通量测序平台血液、呼吸道、消化道临床样本的快速检测 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 韩 娜 强裕俊 张婷婷 苗娇娇 张 雯 * （1 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所生物信息室，北京102206 ；2 感染性疾病诊治协同创新中心，浙江杭州310003 ） 摘要 目的 方法 【 】 探讨454 高通量测序平台应用于临床样本快速检测的可能性。 应用454 高通量测序平台测定血液、呼吸道和消化道临 床样本中微生物菌群的16S rDNA 基因的V3-V4 高变异区段序列，采用BLAST 方法与RDP 数据库进行比对，基于比对结果，获得不同 种属的病原菌的所匹配的read 数。结果 8 份临床模拟样本中，7 份检测出目标菌属，检出率为87.5% 。在血液、肺泡灌洗液和咽拭子这类 正常状态下的无菌体液，检测结果较为明确，检出的细菌较为集中，显示了检测结果的可靠性。而对本身含有较多种类细菌的粪便样本， 其目标菌比例明显降低。结论 实现了80 h 内得到血液、呼吸道和消化道临床样本中含有病原菌情况的检测报告，并探讨了高通量测序技 术在今后临床实际应用时进一步提高检测速度和灵敏度的方法。 关键词 【 】454 高通量测序；临床样本；病原菌；检测 中图分类号：R446 文献标识码：B 文章编号：1671-8194（2016）17-0039-03 16 S rRN A 位于原核细胞核糖体小亚基上，包括10个保守区域 表1 8份模拟样本的详细信息。 （conversed regions ）和9个高变区域 （hypervariable regions ），其中 编号 样本类型 病原类别 浓度 保守区在细菌间差异不大，高变区具有属或种的特异性，随亲缘关 C1 灌洗液模拟标本 嗜肺军团菌 104 ccfu/g [1] C2 咽拭子模拟标本 鲍曼不动杆菌13TU 104 ccfu/g 系不同而有一定的差异 。因此，16S rRNA可以作为揭示生物物种的 4 C3 血液模拟标本 单增李斯特菌 10 ccfu/g [2] 特征核酸序列，被认为是最适于细菌系统发育和分类鉴定的指标 。 4 C4 粪便模拟标本 空肠弯曲菌 10 ccfu/g 然而16SrRNA 的检测前提是需要病原的分离培养。虽然人们已通过 C5 粪便模拟标本 副溶血弧菌 104 ccfu/g 实验室培养分离并保存了部分稳定的菌株，但实际上目前仅有上千 C6 粪便模拟标本 河弧菌 104 ccfu/g 种 （Species水平）的微生物基因组获得了成功测序；99%的环境微生 C7 粪便模拟标本 伤寒沙门菌