Molecular evolution of a family of heat shock transcription factor genes in legumes and grasses豆科和禾本科植物热激转录因子基因家族的分子进化研究.pdf

摘要 随着全球温室效应的加剧，高温已成为造成农业减产和品质下降的一个重要因 素。热激转录因子（Heat shock transcription factor ，Hsf ）作为信号转导途径终端组件， 是热激蛋白和其它热激诱导基因表达的核心调控因子，对提高植物耐热性具有重要作 用。目前，尽管在拟南芥和番茄等少数模式植物中对部分 Hsf 基因的功能进行了研究 并取得了一些重要结果，但是对于整个植物 Hsf 基因家族的基因组结构及进化模式并 不很清楚。随着越来越多的物种被测序，为分析和理解该问题提供了基础数据。基于 此，本研究在全基因组范围内，鉴定了已测序的豆科植物百脉根、苜蓿、鹰嘴豆、大 豆、木豆和菜豆中的 Hsf 基因，以及禾本科植物短柄草、水稻、高粱和玉米中的 Hsf 基因。从内含子/外显子分布、结构域和基序、系统发育分析、物种内和物种间的微 共线性（microsynteny ）、基因拷贝数的变化、环境选择压力以及表达模式等方面探究 了豆科和禾本科植物Hsf 基因家族的起源与进化、基因的复制与丢失。主要结果如下： 1. 利用公布基因组和转录组数据库，在冷季豆科植物百脉根、苜蓿和鹰嘴豆中 分别鉴定出 11、19 和 13 个 Hsfs ；在热季豆科植物大豆、木豆和菜豆中分别别鉴定出 46 、22 和 29 个 Hsfs 。结构域和基序分析表明豆科Hsf 蛋白具有 5 个保守的结构域或 基序，分别为 DBD 、HR-A/B 、NLS 、NES 结构域，以及 AHA 基序。其中位于 N 端 的DBD 结构域最为保守且高度结构化，由三个α螺旋束和四个反向平行β片层折叠 所组成。AHA 基序在 A 类 Hsfs 的C 端高度保守。 2. 对豆科 Hsf 基因结构的外显子和内含子分布分析显示，在 159 个内含子中， 有 140 个是相位 0，形成了大量的对称外显子，在 DBD 结构域中发现了一个高度保 守的内含子插入位点且都为相位 0，说明了豆科Hsf 基因结构的进化上外显子改组和 内含子的删除可能起着一定的作用。 3. 系统发育分析发现，来自 6 个豆科植物基因组的 140 个豆科 Hsf 基因的可以 被划分成 18 个共享的进化枝，各自代表着一个原始的基因谱系，推算出在这些豆科 植物最近的共同祖先中至少含有 18 个 Hsf 基因。 4. 通过对物种内基因组区段上基因微共线性分析，以及对基因复制年代分布的 计算说明了豆科植物 Hsf 基因家族的扩张主要通过全基因组复制事件，而不是串联复 制。大豆 Hsf 基因是经历了早期豆科祖先全基因组复制事件和近代的大豆谱系特异性 的多倍体事件进化而来，46 个包含 Hsf 基因的大豆染色体区段中有 42 个区段形成了 两个，三个或四个为一组的旁系同源区段组。在百脉根、苜蓿以及木豆基因组中只发 现了少数具有旁系同源关系的 Hsf 基因区段。 5. 豆科物种间基因组区段上基因微共线性分析发现，百脉根、苜蓿以及木豆基 因组中的包含Hsf 基因的区段与大豆基因中的包含Hsf 基因的复制区段具有广泛的共 I 线性，形成了 17 组直系同源区段。这些结果说明了百脉根、苜蓿以及木豆基因组中 包含 Hsf 基因的区段与大豆中相应的区段都是由其共同祖先中远古全基因组复制事 件产生并进化而来的，但是在百脉根、苜蓿以及木豆基因组中超过一半的 Hsf 基因拷 贝丢失了。而大豆的Hsf 基因家族在两轮全基因组复制之后，75% 的远古复制基因被 保留了下来，以及 85%近代复制基因被保留了下来。选择压力分析揭示了持续的纯化 选择在保持大豆 Hsf 基因的数量上起着关键性的作用，且说明了复制产生的子基因受 到强烈的进化约束力，维持其功能的稳定。 6. 进一步对禾本科植物基因组 Hsf 基因家族分析显示在短柄草、水稻、高粱和 玉米基因组中分别含有 24 、25 、23 和 25 个 Hsf 基因。物种内的微共线性分析和对基 因复制时间的计算表明在短柄草、水稻、高粱和玉米中超过 60%的Hsf 基因组区段是 由全基因组复制产生的，且玉米Hsf 基因家族经历了远古禾本科祖先全基因组复制事 件和近代玉米谱系特异性的多倍体事件。 7. 禾本科植物物种间的微共线性也表