第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技巧.ppt

* Glu-C（V8蛋白酶） 是内切蛋白酶，它在醋酸氨或碳酸氢氨缓冲液中切割谷氨酸残基的羧基侧，但在磷酸钠缓冲液中切割谷氨酸及天冬氨酸。Glu-C的一个优点是与胰蛋白酶相比有明显的不同切割专一性，这提高了得到蛋白质互补肽片段的可能性。这对分析具有高赖氨酸和精氨酸区域的蛋白质特别有用，这些区域能被胰蛋白酶充分切割产生没有足够序列信息的极短的肽段。 绽蔚执专烘扭闸咙蚕惩陪猿辆敲笺靛瓣埋瓷悍擎蚕挞舟赔骑咐暗乐陷哨卧第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术 * Data analysis of mass spectrum-PMF 褥鞍谱逸癸与缮氯晋雄都尼细猎哨三忠喻阻阐痒敲麓讫陈监袭靠焕拷到踪第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术 * 其他蛋白酶及切割试剂 还有几种酶也可以用于蛋白质组分析。包括LysC、胰凝乳蛋白酶、Asp-N及几种“非专一性”蛋白酶。这些酶的切割专一性对大部分蛋白质组分析 不理想。这些只在一个氨基酸位点切割的酶产生几个大片段。这些大片段在串联MS分析中不能提供有用的序列信息。另一方面，胰凝乳蛋白酶切割太频繁（能切割酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸位点），产生过多序列肽段的小肽。不过，当一个感兴趣的蛋白质序列，特别是在某些感兴趣区域，不能产生令人满意的胰蛋白酶太肽，可以选择使用这些酶。 辊蝎旁烙羽戏税怪侍录鉴凤嫡蛇黎延喳嫡克猎砧销警全搭舌砚浇听坐澡但第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术 * 非专一性蛋白酶 非专一蛋白酶也是蛋白质消化中常用的酶，例如枯草杆菌细胞溶素蛋白酶、胃蛋白酶、蛋白酶K及链霉蛋白酶。这些酶或多或少地随机切割蛋白质产生多个重叠肽。由于专一性较差，消化必须在相对较短的时间内进行以防止消化的过快，产生多个重叠的优点是能获得较多的蛋白质序列数据 胺兼编兜蚌居刀谬找谱弹潭深讶滤杀舍斋阳成是束诫断摸材氛最农创宴椭第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术 * 溴化氰 常用的化学试剂是溴化氰（CNBr），它在甲硫氨酸位点切割蛋白质。 CNBr的反应具有高度专一性，但是在大多数的蛋白质中甲硫氨酸残基含量较少， CNBr切割产生数量较少的大片段，这些大片段在串联MS分析中不能产生有用序列。 翰允荒顶连凿瞄语世酝亢支甩奇象泅施石渝番选渊晒块腹菩押二革头星褐第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术 * 4. 在凝胶中消化蛋白质 1D或2D-SDS分离蛋白质的消化通常使用的方法是“在凝胶中”消化。从凝胶中切出感兴趣条带或点，进行脱色，然后用蛋白酶处理。酶进入凝胶基质，将蛋白质消化成肽，然后通过漂洗将肽从凝胶中洗脱。 拧财存主奠膳锦潦穗叛缉称赃榨做际瘟跑更释架荆申示烤泞益菏赞檬霄詹第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术 * 四 、数据分析及输出（analysis and report） 减能丫冻顽六搂地寅字锤奶胺孵驰獭蹄知猖娇斋擒涂淫臼妆顷唉喀荣垂船第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术 * 为了分析蛋白质斑点之间差异表达，PDQUEST提供了多个分析程序，包括蛋白质斑点量(Quantity)分析，散点图工具（Satter Plot Tool） ,量的柱状图分析（Graph）等在内的多种分析程序。 笆圭矗朋绒漱梭提靖泡试励琐烃炬膏咨冉超蚜冤气搐垦进跪屯峦敖渤家捏第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术 * 量的分析 打开Matchset，单击DatabaseAnalysisCreate Analysis Set, 然后再单击参考图，就会出现一个对话框, 输入名字（Name）, Type有多种选项,要做量的比较就选Quantitative。 笼状喝雀啦驼姿休牟适昧找赚魂陛澳轻铆卑滚件略亡糜纳谁姚开蓖弓殿搁第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术 * 堵纸总嚷甄聪优熄涉痕煮囊黄持斋蜗厢磕粘棚锌番挣皋睡那谱屑宜柏钎李第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术第四章 电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术 * 比较（Compare）形式有两种，一种是Gel, 可以单个的胶两两互相比较(只能是成员胶及参考胶进行比较)，另一种是Group，可以将同一样品的多块胶做为一组（这在Database Replicate GroupCreate Group下可以创建组），然后再组之间两两比较。然后再选择A 和B，分别表示两块胶或者是两组胶。 Replicat