蛋白质胶歪构基础.pptVIP

第二章蛋白质高级结构;本章主要内容;Proteins;;氨基酸与多肽链 蛋白质的空间结构 多肽链的折叠 蛋白质结构与功能的关系 重点： 蛋白质的层次体系，二级结构、模体与结构域 多肽链的折叠;一、氨基酸与多肽链;第21和22种天然氨基酸:硒半胱氨酸和吡咯赖氨酸;;;The 20 a-amino acids share common structural features. Each has a carboxyl group and an amino group (but not in proline) bonded to the same carbon atom, designated as the a-carbon. Each has a different side chain (or R group, R=“Remainder of the molecule”).;;2. 分类;;3. 单一构型和旋转异构体 ;（二） 肽单位和多肽链Peptide unit and peptide chain;Proteins are built up by amino acids that are linked by peptide bonds into a polypeptide chain. 三肽，四肽：12 寡肽 oligopeptide 12~20 多肽polypeptide 20 蛋白质：几十个peptides以上 活性肽： 谷胱甘肽GSH: 三肽 催产素，加压素：九肽 胰岛素：51肽;The polypeptide chain are divided into peptide units that go from one C? to the next C?. The polypeptide chain of the main chain atoms are represented as rigid peptide units, linked through the C? atoms. ;二、蛋白质的空间结构;蛋白质的结构 – 主要由一级序列所决定 蛋白质的功能 – 主要由三、四级结构所决定;（二）一级结构Primary structure;（三）二级结构  Secondary structure ;?a?- helix;??helix 通过氢键稳定结构 ;形成的氢键都指向一个方向，使得a?- helix具有极性： N短积累+, C短积累—电荷 a?- helix中心没有空腔 这使得a?- helix比较稳定，主要存在于蛋白质分子的表面 ;分类;R-侧基分布在??helix 的外侧;??helix的两亲性;??helices：氨基酸偏好 ;??-Strands Sheets;反平行的?-sheet;;;平行的?-sheet;混合的?-Sheets;;回折 reverse turn： β-turn， ?-turn， ?-bulge;It is a tight turn of ~180 degrees involving four amino acid residues. The essence of the structure is the hydrogen bonding between the C=O group of residue n and the NH group of the residue n+3. Gly and Pro are often found in -turns. ?-turn 常位于蛋白质分子表面，使分子表面的肽链反向转折，蛋白质的球状结构得以形成。 存在三种类型的标准?转折：I型、 II型、 III型，各自对映体也存在。;I型和II型的主要差别－第二个肽单位具有相反的取向;;2）?-turn： 3个氨基酸组成 is a tight turn involving three amino acid residues. 肽链的转变没有了中间的缓冲，显得更为紧急。;;;?环肽链Loops;短的环肽链：具明显的构象选择性，只存在有限的构象类型。构象常取决于特定残基在环结构中的位置。 长的环肽链：可采取数种构象，从而使构象有相当的柔性(flexibility)。这类构象难于测定，但对蛋白质的功能发挥具有特定意义。如蛋白活性中心的打开和关闭。 ;Coils 无规则卷曲random coils;（四） 结构模体 motif;一些常见的结构性motifs;1）helix-turn-helix motif (HTH);; ;专一结合钙;;通过一段短的环链将两条相邻的?－链连接在一起的结构。 蛋白质结构中的意义： 参与配体-受体结合位置 酶活性中心的形成 类型： 环链具有不同的长度，