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第三届“QTL作图和育种模拟研讨会”，2009年5月10-14日，四川雅安 QTL作图方法的基本原理和 完备区间作图方法 李慧慧 huihuilibnu@ Chinese Academy of Agricultural Sciences c/o Beijing Normal University Outline • QTL作图所需数据 • 标记数据和连锁图构建 • QTL作图的基本原理 • 数量性状基因的完备区间作图方法(ICIM) • ICIM在实际作图群体中的应用 What is QTL mapping? The procedure to map individual genetic factors with small effects on the quantitative traits, to specific chromosomal segments in the genome is called QTL mapping. The key questions in QTL mapping studies are: How many QTL are there? Where are they in the marker map? How large an influence does each of them have on the trait of interest? Dataset of QTL mapping • Mapping population • Linkage map • Marker genotype • Phenotypic data QTL作图群体 • F2群体(张鲁燕专门讲解) •回交 (BC, backcross) 群体 •加倍单倍体 (DH, doubled haploids) 群体 •重组近交家系 (RIL, recombination inbred lines) 群体 •导入系（染色体片断置换系） • 自然群体 作图群体的分类 •按基因型是否纯合分 –暂时群体（Temporary population ） –永久群体（Permanent population ） –自然群体（Natural population ） •按群体间的亲缘关系 –初级作图群体（Primary mapping population ） –次级作图群体（Secondary mapping population） 遗传标记的主要用途 • 建立遗传图谱 • 定位未知基因 • 研究基因间的连锁关系 • 遗传标记应用的两个阶段： –自然标记阶段 –分子标记阶段 回交群体和DH群体中的期望基因型频率 BC1 BC2 DH 群体 观测次数 理论频率 M M M M M m M m M M M M n1 f 1= 1 (1－r) 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 2 2 2 1 M M M m M m m m m m M M n2 f 2= r 1 1