染色质免疫共沉淀-测序（ChIP-Seq）技术和数据分析方法介绍.pdf

第32卷 第8期 河 南 科 学 Vol.32 No.8 2014年8月 HENAN SCIENCE Aug. 2014 文章编号：1004-3918（2014）08-1440-05 DOI：10.13537/j.issn.1004-3918.2014.08.015 染色质免疫共沉淀-测序（ChIP-Seq）技术 及数据分析方法介绍 1 2 杨 薇 ， 刘若水 （1.国家电网许继集团，河南许昌 461000； 2.京豫信息中心，北京 100021） 摘 要：对ChIP-Seq技术的实验原理进行了介绍，而且对ChIP-Seq数据分析过程的每一个步骤都进行了详细的 说明，对用到的程序给出了如何使用的例子. 对ChIP-Seq数据分析时每一步使用到的不同软件进行了介绍和 比较. 关键词：ChIP-Seq；新一代测序技术；数据分析管道 中图分类号：Q81；TP391 文献标识码：A IntroductionofChIP-SeqTechnologyandDataAnalysis 1 2 YangWei ， LiuRuoshui （1.TheStateGridXujiGroup，Xuchang461000，HenanChina； 2.JingyuInformationCentre，Beijing100021，China） Abstract：Chromatinimmunoprecipitationfollowedbysequencing（ChIP-Seq）technologycandetectDNA-protein bindingevent，chemicalmodificationsofhistoneproteinsandDNAmethylationinthewholegenome.Thedifficulties ofChIP-Seqincludenotonlysamplepreparationandthesequencing，butalsoanalysisofChIP-Seqdataaccurately. Inthispaper，theexperimenttheoryofChIP-Seqtechnologywasexplained，alsoastep-by-stepmethodwaspresent fortheanalysisofChIP-Seqdataandexamplesofcommandsweregiven.Thedifferentpackagesusedineachstep werealsoexplainedandcompared. Keywords：ChIP-Seq；nextgenerationsequencing；dataanalysispipeline 1 染色质免疫共沉淀－测序技术介绍 染色质免疫共沉淀测序技术（ChromatinImmunoprecipitationfollowedbySequencing，ChIP-Seq）面世于 ［1-4］ 染色质免疫共沉淀 2007年 ，现在已经成为在全基因组范围内分析转录调控和表观遗传学机制的实验标准. 测序技术是将染色质免疫沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）与新一代测序技术（NextGeneration Sequencing）相结合，其实验原理是：在生理状态下，把细胞内的DNA与蛋白质交联（Crosslink）后裂解细胞， 分离染色体，通过超声或酶处理将染色质随机切割，利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白质相结合 的DNA片段和目的蛋白质沉淀下来，再通过