简介次世代定序技术及美国的法规管理.PDFVIP

簡介 次世代定序技術及美國的 法規管理 李曜珊1 前言 1977 年Frederick Sanger發明 「鏈終止法（Chain termination method ）」的 核酸定序 技術，使得 核酸序列成為分子生物技術的 基礎資訊之一，Frederick Sanger 也因此獲得 1980 年諾貝爾化學獎的殊榮 。1990 年由美國發 起國際人體基因組計畫， 參加的國家包 括美國、英國、德國、日本、中國以及印度 ，原定於 1990~2005 年間，花費30 億美 元 完成人類全基因體定序的工作，最終因私人團隊的加入 ，提早於2003 年4月公告完成， 共計完成3.3 萬鹼基的定序 。然而，第一代 定序技術不論在通量、成本及速度等方面， 都不能滿足日益增長的 大規模全基因組定序需求 ，當 次世代定序 (Next Generation Sequencing, NGS)技術推出時 因，可同時對大量的 DNA 進行定序，大幅降低定序成本， 從美國國家衛生研究所 (National Institutes of Health, NIH所發表的歷年定序成本分析) 圖( [1] 1) 即可得知 。定序成本因為NGS 技術之開發，全基因體定序成本從 2003 年每個人8 仟萬美金降 至2015 年的 1仟元美金。NGS 與第一代 定序技術相比，因為通量高、成本 低的特性，可快速且大量的定序個人基因序列，再透過臨床資料庫的驗證，期望找出其 中的疾病易感基因和相關變異，作為疾病罹患風險的判斷或提供後續治療所需的相關資 訊，已成為推動精準醫學之不可或缺的利器。為了因 應 NGS 技術的複雜性和創新性， 美國食品藥物管理局 (Food and Drug Administration, FDA)積極 擬訂相關法規 。本文特就 NGS 技術的基本原理、美國 FDA已 核准上市的 NGS 產品及美國現行的法規及發展方 向加以介紹 ，期望協助國內相關單位了解美國對於此類產品的管理模式，以為將來研發 或法規制定的參考。 次世代定序（Next Generation Sequencing, NGS ） NGS又稱為第二代定序或基因高通量分析，為建構在第一代定序方法 基礎上所開發 出來的新技術，第一代定序方法存在通量低、成本高和耗時長的缺點，影響其大規模之 應用，因此有 NGS 技術的發展 。NGS降低單一鹼基定序所需的成本，也讓當前的定序 檢測不再受限於基因的大小或多寡。近幾年 NGS在臨床上被廣泛地應用，包含偵測血 1 財團法人醫藥品查驗中心醫療器材組 RegMed 2017 Vol. 83 1 液中游離的 DNA ，以作為腫瘤基因突變的檢測方法，以及孕婦產前遺傳篩檢的診斷技 術 ，加速了精準醫學的實現 。本章節依序介紹第一代定序、第二代定序的技術原理，並 整理兩代技術間的差異，以瞭解 NGS的特點及相對優勢。 圖 1 、美國國家衛生研究所(NIH)統計 ，全基因體定序花費成本變化[1] 一、 第一代定序 傳統的鏈終止法又稱( Sanger 定序法，1977 年由 Sanger及 Coulsonr所提出 ) 、化 學降解法(1977 年由 Maxam及 Gilbert所提出 ) 、及 以前述兩個 方法為基礎所發展的各 種 DNA 定序技術，統稱為第一代定序技術。第一代定序技術應用的高峰，即為2003 年完成了眾所矚目的人體基因組計畫 (Human Genome Project, HGP) 。 第一代定序技術多透過基因工程技術，將待測的基因序列切成小片段 ，並接入質 體後轉染至細菌中，待測片段將隨著質體在菌體內大量複製， 以進行後續定序反應。 如 Sanger 定序法，其原理即為於反應試劑中，以單股DNA 為模板，分別加入DNA 聚 合酶 (polymerase) 、引子(primer) 、4種去氧核苷酸 (dNTP) ，再依4種鹼基分類，分別 加入一定比例以放射性同位素標記的雙去氧核苷酸(dd