BLOSUM矩阵附其在生物信息学中应用.docVIP

[生工0902] BLOSUM矩阵及其在生物信息学中的应用 生物信息学 齐阳，汪锴，袁理 2011/11/25 什么是BLOSUM矩阵？BLOSUM矩阵有什么应用？ BLOSUM矩阵及其在生物信息学中的应用 齐阳 汪锴 袁理 摘要关键词 BLOSUM矩阵生物信息学应用 序列比对是现代生物学最基本的研究方法之一, 最常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对，通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找二者可能的分子进化关系，进而可以有效地分析和预测一些新发现基因的功能。目前各种蛋白质序列对比算法主要利用一种替代矩阵来计算序列间的相似性，过去所普遍使用的Dayhoff矩阵只能用来进行相似度85%以上的序列对比「1」，为了满足大量生命科学研究的需求，1992年Henikoff夫妇从蛋白质模块数据库B中找出一组替代矩阵，即系列，很好的解决了序列的远距离相关的问题，此后十几年来及其衍生替代矩阵已经成为蛋白质多序列对比的常用方法1 BLOSUM 矩阵概况 序列比对是现代生物学最基本的研究方法之一，常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对，通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找二者可能的分子进化关系，进而可以有效地分析和预测一些新发现基因的功能。「」「」 当根据打分函数假定两序列同源时，可以发现某些替换比其它替换要常见的多，比较保守的替换比