在异源多倍体作物物种中识别和描述和解释核苷酸序列的变异.doc

10级生物技术（二）班 在异源多倍体作物物种中 识别、描述和解释核苷酸序列的变异 植物生物技术杂志(2012) 10, pp. 125–138 评论文章 在异源多倍体作物物种中识别、描述和解释核苷酸序列的变异 Sukhjiwan Kaur1, Michael G. Francki2,3 and John W. Forster1，3,4,5，* 1初级产业部门，生物科学研究部，维多利亚农业生物科学中心，拉筹伯大学的研究和开发园区，本多拉，维多利亚，澳大利亚 2澳大利亚西部的食品和农业部，南珀斯，华盛顿，和国家农业生物技术中心，默多克大学，默多克，华盛顿，澳大利亚 3分子植物育种合作研究中心，本多拉，维多利亚，澳大利亚 4乳制品期货合作研究中心，本多拉，维多利亚，澳大利亚 5拉筹伯大学，本多拉，维多利亚，澳大利亚 摘要 2011年4月8日收到; 2011年6月5日修正; 2011年6月12日接受。 *通信(Tel + 61-3-9032-7054; 传真+ 61-3-9032-7158; 电子邮件：john.forster@.au) 对一个种类的理解和核苷酸序列变异的程度是发现和鉴定单核苷酸多态性（SNP）所需要的程序，它提供最通用的一类分子遗传标记。大多数高等植物物种是多倍体，具有异源多倍性，因为混合物形成之间有密切相关的类群，这是很常见的。突变的变异，两者之间都可能出现等位基因之间（同源）序列的单个基因组和种内同源序列之间的基因组，除了旁系同源变异之间的重复基因复制。在异源多倍体中单核苷酸多态性验证成功取决于序列变异类的分化。许多生物因素影响辨别的可行性，包括基因家族复杂性的程度，或远交近交繁殖习性，以及二倍体物种起源相关的知识。此外，高通量DNA测序的发展和相关的计算分析为异源多倍体的遗传分析提供了通用的解决方法。这些问题探索了在有一定经验的背景下的一系列的异源多倍体物种，如粮食（小麦和油菜），草（牧场豆类及草），和园艺（草莓）作物。随着单核苷酸多态性的发现，在常规基因分型的应用程序中提出了挑战异源多倍体。特定基因组的设计基于要么SNP策略的检测通过有针对性的测定同源序列聚合酶链反应（PCR）放大，或检测到在核苷酸变异剂量中被描述的增量式改变。 关键词：单核苷酸多态性，同源性，小麦，油料，草料植物，草莓，基因分型。 简介 虽然在植物物种中多重序列多态性检测已用于遗传分析，可单核苷酸多态性（SNP）提供了理想的基因分型系统。单核苷酸多态性是最基本和最丰富的基因组序列变异的形式和适用高度多路复用的自动化分析（Rafalski, 2002a）。基于SNP候选基因的基因分型,或特定区域发现的在遗传映射和分子标记辅助选择特定的农艺位点已经支持当前的应用程序。不过，高密度地图建设，全基因组关联研究（Rafalski, 2002b）和基因组选择（Meuwissen et al.,2001）需要大规模单核苷酸多态性的发现活动提供全基因组覆盖率。在实践中，这种办法只实施少数经济重要的物种，但这种情况正在迅速改变。由于第二代测序技术（Metzker, 2010），从而使单核苷酸多态性发现率更快。 方法的发现和预测单核苷酸多态性变种的验证已被优化为近亲繁殖和远缘杂交二倍体植物物种（Cogan et al., 2006; Chagne′et al., 2007; Edwards et al., 2007）。然而，大量重要的农作物是异源多倍体，序列基因组之间的变异与等位基因基因组的变异存在差异。在异源多倍体作物更高水平的基因组中存在复杂性，因此对于单核苷酸多态性预测构成了重大的额外的挑战。了解许多至关重要的生物因素是解决这一复杂度的关键。同时，进步序列生成技术和相关的计算方法为异源多倍体的遗传分析提供了通用的解决方案。本文综述了这些因素和方法，及其影响到目前为止在几个代表性物种效率和随后的SNP检测发现。 植物物种中的多倍体 多倍体物种包含染色体补充过量的异（单倍体）或双（二倍体）状态特点的许多有机体。有两种条件的多倍体。同源多倍体通常被认为是由于在减数分裂前期同源染色体分离失败。我，无论是在单个分类单元，或在F1杂交种间相关的物种具有相同的基因组，导致重叠同源染色体（Thompson and Lumaret, 1992）。另一方面，异源多倍体的结果是种间杂交或相关的物种有类似的但不完全相同的染色体（同源）。大多数的异源多倍体类群拥有控制机制，防止减数分裂配对时同源染色体之间连接到二体遗传机制（Riley and Chapman, 1958; Sears, 1976; Jenczewski et al., 2003）。 多倍体是极为常见的植物系，这也是C .70%活的被子植物物种的原因（Lewis, 1980; Leitch