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算法结构显示中的重叠问题及其改进方法 戴静芳陈维明 (中国科学院上海有机化学研究所，上海200032) 摘要算法结构显示是化学结构显示的一种重要方法，具有图形质量稳定风格一 致，类似化合物具有类似图形的优点。图形重叠是算法结构显示方法面临的一个重 要问题。本文对算法结构显示中的重叠产生的原因进行了分析，并根据现有重叠消 除算法的问题提出了改进方法。 关键词算法结构显示图形重叠消除重叠 1．前言 化学结构显示是计算机化学、化学信息学等学科的技术基础。在构建化学结构数据库时， 录入和显示化学结构有两种方案：第一种方案是手工输入化学结构并保存在结构数据中，需 要显示时直接提取输入时的图形坐标；第二种方案是手工输入化学结构原子间的连接关系， 按照给定的规则计算出图形坐标然后保存以备显示，这种方案通常也可以称为鼻容留梭昂 ‘荔．o第一种方案便捷，但足输入的结构不规范，不同的输入员可能将同一结构画成看起来完全 不同的图形。第二种方案算法结构显示从理论上来说完全避免了这种问题，只要规则确定，同 一结构或同类结构总是能得到相同或相似的图形。但是算法结构显示程序得到的图形可能发 生重叠。影响了部分图形的质量。 我们曾经为美国化学文摘社设计和开发了确定化学结构的算法结构显示软件，从1991 年起该软件生成的化学结构一直用于美国化学文摘社的所有纸质和电子出版物，包括 结构图形正确生成的成功率为98．8％。进一步的分析表明，尽管当时的软件已经使用了重叠 消除算法【ll，在1100万个化学结构中1．2％未能生成结构图形的主要原因足图形存在部分重 叠；在成功生成的结构图形中，有60000个结构图形有可能通过进一步改善重叠消除方法获 得更加美观和对称的结构图形。 2．重叠产生的原因 对于化学结构图形，除保证没有重叠以外，符合化学家书写习惯、保持某种对称性和图 形美观是最重要的标准。因此在算法结构显示方法中使用了结构图形的对称性分析和再现技 术【2】以保证图形的美观，规定了环模板使用、最长链向左伸展、邻接键键角均匀分布、键角 相对固定等规则以保证图形符合化学家习惯。在此基础上，图形的局部重叠主要由于三种原 因，即由于立体键等原因引起的图形不可平面化造成图形局部拥挤和重叠，由于环系上原子 标识或取代基位置引起环系中原子和键的重叠，由于结构图形生成时无法预计空问被占用的 情况使生长中的远端结构图形与其他部分重叠。常见的重叠类型见图1。 150 c d 图1一些常见的重叠情况(粉红色表示重叠元素) 3：重叠消除方法 图形的重叠和消除是一种不断尝试和逐步消除的过程，因此必须包括重叠检测和消除两 个基本处理过程。在结构图形处理过程中，所有键(图形)和原予(符号串)都看成一种几 何图形。结构图形的重叠就是这些几何图形的重叠。 3．1重叠检测 重叠检测主要检查键和键、键和原子对应的几何图形，报告是否发生重叠、重叠发生的 位置、重叠情况等参数．后续的消除过程将以这些参数为参照进行坐标调整121。重叠检测的 简要过程： 1．数据准备。将图形中的键和结点的X和Y坐标存入两个列表，并按降序排列。 2．对子图中的当前元素(键或结点)，检查其x．Y坐标划出的矩形区域，落入、进入或者穿 过该区域的元素都被记录为可能的重叠元素，见图2。 3．详细检查当前元素与每个可能的重叠元素之 the checking —’‘。、thecheckin ·-·the possi -—-一thepossible t overlap bon ／ 《