不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用-东南大学学报.pdfVIP

第 卷第 期 ３２ ３ 东南大学学报（自然科 学版 ） Ｖｏｌ３２Ｎｏ３ 年 月 ２００２ ５ （ ） Ｍａｙ２００２ ＪＯＵＲＮＡＬＯＦＳＯＵＴＨＥＡＳＴＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ  不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用 顾万君 马建民 周 童 孙 啸 陆祖宏 （东南大学吴健雄实验室，南京 ２１００９６） 摘要：对 个编码不同折叠类型蛋白（ 种全 结构蛋白， 种全 结构蛋白， 种 结 １９５ ５０ ６６ ３７ ＋ α β α β 构蛋白， 种 结构蛋白）基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明，不同折叠类型蛋白 ４２ ? αβ 的密码子使用偏性有着显著的区别 特定折叠类型的蛋白有着特定的编码基因的密码子使用 ． 模式 这一结果表明，在蛋白质折叠类型和蛋白质二级结构的预测过程中，编码基因的密码子 ． 使用偏性可以作为蛋白质一级结构以外的一项重要的预测标准． 关键词：密码子偏性；蛋白质折叠类型；蛋白质二级结构预测；方差分析 中图分类号： 文献标识码： 文章编号： （ ） Ｑ５２ Ａ １００１－０５０５２００２０３０３６２０５ Ｃｏｄｏｎｕｓａｇｅｉｎｇｅｎｅｓｃｏｄｉｎｇｆｏｒｐｒｏｔｅｉｎｓｗｉｔｈｄｉｆｆｅｒｅｎｔｆｏｌｄｉｎｇｔｙｐｅｓ ＧｕＷａｎｊｕｎ ＭａＪｉａｎｍｉｎ ＺｈｏｕＴｏｎｇ ＳｕｎＸｉａｏ ＬｕＺｕｈｏｎｇ （ ， ， ， ） ＣｈｉｅｎＳｈｉｕｎｇＷｕＬａｂｏｒａｔｏｒｙＳｏｕｔｈｅａｓｔＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＮａｎｊｉｎｇ２１００９６Ｃｈｉｎａ ： Ａｂｓｔｒａｃｔ １９５ｇｅｎｅｓｃｏｄｉｎｇｆｏｒｐｒｏｔｅｉｎｓｉｎｆｏｕｒｄｉｆｆｅｒｅｎｔｆｏｌｄｉｎｇｔｙｐｅｓｈａｖｅｂｅｅｎａｎａｌｙｚｅｄｉｎｔｅｒｍｓｏｆ ， ， ， ｖａｒｉａｎｃｅａｎａｌｙｓｉｓｉｎｗｈｉｃｈｔｈｅｒｅａｒｅ５０ｇｅｎｅｓｃｏｄｉｎｇｆｏｒａｌｌｐｒｏｔｅｉｎｓ６６ｅｎｔｒｉｅｓｆｏｒａｌｌｐｒｏｔｅｉｎｓ３７ｅｎ α β ｔｒｉｅｓｆｏｒ ＋ ｐｒｏｔｅｉｎｓａｎｄ４２ｅｎｔｒｉｅｓｆｏｒ?ｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｉｔｈａｓｂｅｅｎｏｂｓｅｒｖｅｄｔｈａｔｃｏｄｏｎｕｓａｇｅｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔ α β αβ ｇｅｎｅｃｌａｓｓｅｓｃｏｄｉｎｇｆｏｒｄｉｆｆｅｒｅｎｔｆｏｌｄｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎｓｉｓｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙｄｉｆｆｅｒｅｎｔ．Ｓｉｍｉｌａｒｔｏａｍｉｎｏａｃｉｄｐｒｏｐｅｎｓｉ ， ｔｉｅｓｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｐｒｏｔｅｉｎｃｌａｓｓｅｓｆｏｌｄｉｎｇｔｙｐｅｓｐｅｃｉｆｉｃｐｒｏｔｅｉｎｓｈａｖｅｓｐｅｃｉｆｉ