半番鸭与番鸭精巢组织差异表达转录组测序分析-数据分析与知识发现.pdfVIP

中国农业科学 2017,50(18):3608-3619 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.18.016 半番鸭与番鸭精巢组织差异表达转录组测序分析 1 1 1 1 1 2 1,3 李丽 , 缪中纬 ，辛清武 ，朱志明 , 章琳俐 ，庄晓东 ，郑嫩珠 1 2 3 （福建省农业科学院畜牧兽医研究所，福州 350013 ； 福建昌龙集团，福建漳州 363000; 福建农林大学食品科学学院,福州 351100 ） 摘要： 【目的】研究半番鸭与番鸭精巢组织转录组差异表达基因，为进一步阐明半番鸭不育的遗传机制奠 定理论基础。【方法】利用转录组测序方法对半番鸭和番鸭的精巢组织进行研究，筛选其差异表达基因，并对 其功能进行注释和荧光定量 PCR(quantitative real-time PCR, QRT-PCR)验证。【结果】测序共获得 43.84Gb Clean Data，组装后共获得 193 535 条 Unigene。DESeq 分析发现 3 597 个基因在两个鸭品种间差异表达，其中 上调基因1 194个和下调基因2 403个，包括与生殖功能相关的基因，如成纤维细胞生长因子（fibroblast growth factor, FGF ）、蛋白激酶 A（protein kinaseA, PKA ）、丝裂原活化蛋白激酶 7（mitogen-activated protein kinase 7-like, partial, BMK ）、生长因子受体结合蛋白 2（growth factor receptor-bound protein 2, GRB2 ）、 c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase, JNK)和肿瘤坏死因子受体超家族成员6（tumor necrosis factor receptor superfamily member 6, FAS ）等。GO (gene Ontology)分析发现 382 个差异基因获得功能注释，其 中 97 个基因涉及发育繁殖生物学过程。KEGG (kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析表明差 异表达基因共富集到 50 条信号通路中，其中 17 个通路显著富集，包括丝裂原活化蛋白激酶信号转导通路 (mitogen-activated protein kinase signaling pathway, MAPK)、甘油酯代谢（glycerolipid metabolism） 以及钙信号途径 (calcium signaling pathway)信号通路等，与生殖功能密切相关的有促性腺激素释放激素信 号通路（gonadotropin releasing hormone (GnRH) signaling pathway）和 MAPK 信号转导通路。经 QRT-PCR 验证，差异基因表达变化模式与转录组测序结果一致，测序结果可靠。【结论】在转录组水平上筛选出半番鸭 和番鸭精巢组织差异表达基因，揭示了 GnRH 和 MAPK 信号通路在鸭的生殖活动中发挥了重要作用，为进一步探 索半番鸭生殖系统的分化机理提供可靠的参考依据。 关键词：半番鸭；番鸭；精巢组织；差异表达基因；转录组 Transcriptome Analysis of Differential Gene Expression Associated with Testis Tissue in Mule Duck and Muscovy Duck 1 1