利用转录组数据分析高原鼢鼠和裸鼹鼠基因的趋同进化.pdfVIP

兽类学报,2014,34 (2):129 - 137 Acta Theriologica Sinica 利用转录组数据分析高原鼢鼠和裸鼹鼠 基因的趋同进化 1,2 3 1 1 1 1 邓小弓 王堃 张守栋 苏建平 张同作 林恭华 (1 中国科学院西北高原生物研究所, 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室,西宁 810001 ) (2 中国科学院大学,北京 100049) (3 兰州大学生命科学院,草地农业生态系统国家重点实验室, 兰州 730000 ) 摘要:地下鼠由于长期适应于地下洞道生活,在诸多生物学特征上都产生了一定的趋同进化现象,但目前尚未 在分子水平分析其趋同进化特征。本研究利用高通量测序数据,从氨基酸位点变化和基因表达量水平,分析两 种亲缘关系较远的地下鼠——— 高原鼢鼠和裸鼹鼠的趋同进化。氨基酸位点变化分析显示,两种地下鼠的54 个基 因都存在至少一个理论趋同进化位点,其中 13 个基因可以找到相对明确的表型功能注释。基因表达量分析显 示,两种地下鼠在转录组水平的总体表达模式上存在趋同效应;有 103 个基因在两种地下鼠脑中的表达量是作 为对照的地上鼠 (小鼠、豚鼠)表达量的3 倍以上,其中有20 个基因可以找到相对明确的表型功能注释。本研 究的结果表明,高原鼢鼠和裸鼹鼠为了适应地下生活方式,在氨基酸序列和基因表达量水平上都产生了一定程 度的趋同进化。其中,低氧适应相关基因 (氧运输、氧代谢、DNA 修复等)是地下鼠进化适应的最重要组成部 分,挖掘器官 (尤其是肌肉)功能相关基因的重要性次之,能量代谢及平衡相关基因也是地下鼠适应性进化的 关键要素。 关键词:地下鼠;趋同进化;低氧适应;挖掘器官;能量代谢 中图分类号:Q346 3 文献标识码:A 文章编号:1000 - 1050 (2014 )02 - 0129 - 09 Transcriptomatic determination of convergent evolution between plateau zokors (Eospalax baileyi)and naked mole rats (Heterocephalus glaber) 1 ,2 3 1 1 1 DENG Xiaogong ,WANG Kun ,ZHANG Shoudong ,SU Jianping ,ZHANG Tongzuo ,LIN Gong- 1 hua (1 Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Institute of Plateau Biology ,Chinese Academy of Sciences,Xin- ing 810001,China ) (2 University of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049, China) (3 State Key Laboratory of Grassland Agro-ecosystem,College of Life Science,Lanzhou University,Lanzhou 730000 , China ) Abstract :Subterranean rodents have evolved convergent traits in many of their biological characteristics that allow them to adapt to a similar underground burrowing life