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词汇表 Adaptor ：接头。在 RNA 建库的过程中接在 cDNA 片段两端的短序列 ，其包含样本标签序列、引物结合序列等。 Barcode ：样本标签。通过一段短的核苷酸序列来对样本进行标记，在混样测序时用于区分来源于不同样本的序列。 Flow cell ：Illumina 二代测序平台中发生测序合成反应和进行信号检测的场所。一般由 8 根（有些只有 2 根）玻璃管 （即所谓的“lane” ）构成 ，在玻璃管中“种”有寡聚核苷酸片段 ，能将 cDNA 固定住 ，随后进行边合成边测序。 FPKM ：Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped fragments。直译为“每百万个比对上的片段中转录产 物的每千个碱基中所包含的片断数”。在测序结果中用来反映基因和转录本的表达丰度。 Paired-End sequencing ：双端测序，简称 PE。它是二代测序平台的一种测序策略，即从 cDNA 片段的两段进行测 序。双端测序的读长和测序质量相比单端测序有所提高，而且相同情况下得到的数据量也比单端测序的要多。目前市 场上大多数情况下使用的都是双端测序。 Q score ：Phred quality score。用于评估测序结果准确性的最常用的指标。Q score 最初用来评估 Sanger 测序中每个 碱基的质量，由于其算法的优越性，目前所有的商用二代测序都用 Q score 来作为测序质量评估标准。Q score 的计算 公式为Q = −10 log10 。 指的某个碱基测序出错的概率。以目前最常见的 Q30 为例，它是指某个碱基测序出错的概 率为 0.1% ，正确的概率为99.9%。 Read ：测序平台在对 cDNA 文库进行测序时产生的短的序列，一个 cDNA 片段对应一个 reads 簇。 Single read sequencing ：单端测序 ，简称SR。它是二代测序平台的一种测序策略，即只从 cDNA 片段的一端进行 测序。就 Illumina 平台而言 ，单端测序的读长都比较短（100bp 左右），而且准确性不太高，现在，除少数情况下，单 端测序已经被双端测序代替。single read sequencing 在一些文档中也被写成 single end sequencing。 转录组（mRNA ）测序 转录组，在广义上，是指特定状态下细胞内所有转录产物的集合。包括mRNA 和其他的非 编码RNA。而在狭义上，则是指特定状态下细胞内所有mRNA 的集合。在这里转录组测序采用 了它的狭义定义——转录组测序即mRNA 测序。 获得好结果才是终极目标 结果来源于样本，产生于测序。因此，要想获得预期的好结果就要在这个两个方面下功夫： 准备好的样本和操作流程标准化。好的样本才能得到好的结果，为了获得好的结果必须预先制定 好样本的入组标准，并且规范样本的收集、处理和运输流程。其明信息提供RNA 样品抽提、cDNA 文库构建、上机测序和数据分析服务都有一整套的标准化操作流程，并且都有严格的质控标准。 这一切都是获得好结果的有力保障 准备合格的样本 样本是所有数据的源泉，其好坏直接影响后续的检测能否完成，得到的数据是否可靠。为了 获得可靠的数据，需要精心准备和处理样本。首先是根据试验设计确定样本的分组与入组标准： 样本共分几组？每组样本的入组标准是什么？ 以及每个样本采集多少量？确定好这些指标或标 准之后，就能在收集样本时确保组内的样本尽量一致（比如癌旁样本很容易受到手术切缘距离的 影响，离肿瘤太近会影响后续的检测分析结果），以减少实验误差，保证结果真实可靠。 其次，对于不同的样本类型，需要根据样本特征用合理的方法收集并处理样本。比如对于血 液样本而言，在采血之后，需要尽快用红细胞裂解液或淋巴细胞分离液先分离出白细胞，再向分 ◦ 离出来的白细胞加入TRLzol ，之后放置于-80 C 冰箱中保存。另外，样本在运输过程中也需要注 意，根据在途的时间采用干冰或液氮运输。关于样本的处理和运输，详情请见文档“样本处理与 运输标准工作手册”。 对于转录组测序来说，RNA 样品质量是一个非常关键的指标，它直接影响着建库测序项目 能否成功。RNA 样品的质量主要有以下几个指标：1、RNA 样品量大于2μg ；2、RNA 样品浓度 1 大于100ng/μL；