肿瘤单细胞基因组测序-上海伯豪生物技术有限公司.pdf

上海伯豪生物技术有限公司 单细胞测序解决方案 侯睿 hourui@ 全基因组重测序 通过全基因组重测序，研究者可以找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP ）、拷贝数变异（CNV ）、插入缺失（InDel ）、结构变异（SV ）等变异位 点。这在人类疾病方面具有重大的指导意义。 实验和数据分析流程 基因组DNA 文库构建 Pair-end: 2 × 100 上机测序 30X 数据质控 SNV检测，注释 Mapping InDel检测，注释 CNV检测，注释 单细胞基因组测序 Owens. Nature, 2012 2013年度技术，Nature Methods 单细胞扩增及测序工作流程图 肿瘤单细胞基因组测序 以往的大多数癌症基因组学研究采用的对象均为少量的组织或细胞群体，得 到的数据当然也是这些肿瘤共同的基因组。但科学家更希望从独立的单细胞水 平，来研究在肿瘤生长过程中每个细胞如何发生突变以产生异质性。 单生殖细胞基因组测序 Wang et al. Cell, 2012 转录组测序（RNA-seq ） 转录组是指在某一特定发育时期或者某一生理条件下，细胞内所有转 录产物的集合，包括mRNA和非编码RNA （non-coding RNA ）。  基因表达水平研究 reference genome  转录本结构研究 转录组  转录本结构变异研究 测序 de novo  新转录本发现  非编码区域功能研究 RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009.10(1): 57–63. 单细胞RNA-seq 单细胞转录组分析有助于深入理解细胞分化、 细胞重编程及转分化等过程及相关的基因调节 网络。 Tang et al. Nat Methods, 2009 （卵裂球） Tang et al. Nat Protoc, 2010 Tang et al. Cell Stem Cell, 2010 （胚胎干细胞） Tang et al. Nat Methods, 2011 Yan et al. Nat Struct Mol Biol, 2013 （胚胎发育） Xue et al. Nature, 2013 （胚胎发育） 在基因组背景完全相同的复杂组织中（如神 经组织），研究细胞的异质性。 Qiu et al. Front Genet, 2012 （培养的小鼠海 马神经元）