分子标记的发展及分子标记辅助育种分子标记的类型.pdfVIP

分子标记的发展及分子标记辅助育种 分子标记辅助选择育种(Marker Assisted Selection (MAS)或Marker Assisted Breeding)是利 用与目标基因紧密连锁的分子标记或功能标记），在杂交后代中准确地对不同个体的基因型 进行鉴别，并据此进行辅助选择的育种技术。通过分子标记检测，将基因型与表现型相结合， 应用于育种各个过程的选择和鉴定，可以显著提高育种选择工作的准确性，提高育种研究的 效率。 分子标记辅助育种示意图 DNA 分子标记相对同类技术来说具有很强的优越性：因为大部分标记为共显性，对隐 性性状的选择十分有利；数量极多，应对极其丰富的基因组变异；在生物发育的不同阶段， 不同组织的DNA 都可用标记分析；不影响目标性状的表达，与不良性状无必然的连锁等等。 随着分子生物学技术的发展，现在 DNA 分子标记技术也有数十种，广泛应用于遗传育种、 基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴定、基因库构建、基因克隆等方面。 分子标记的类型 分子标记按技术特性可分为三大类。第一类是以分子杂交为基础的DNA 标记技术，主要 有限制性片段长度多态性标记(Restriction fragment length polymorphisms，RFLP 标记)； 第二类是以聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction，PCR 反应)为基础的各种 DNA 指 纹技术；第三类是一些新型的分子标记，如单核苷酸多态性 (Single nucleotide polymorphism，SNP)，由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA 序列多态性，包括单碱基的 转换、颠换以及单碱基的插入／缺失等。 分子标记是以DNA 多态性为基础，因而具有以下优点：①表现稳定，多态性直接以DNA 形式表现，无组织器官、发育时期特异性，不受环境条件、基因互作影响；②数量多，理论 上遍及整个基因组；③多态性高，自然界存在许多等位变异，无需专门人为创造特殊遗传材 料，这为大量重要性状基因紧密连锁的标记筛选创造了条件；④对目标性状表达无不良影响， 与不良性状无必然连锁；⑤部分标记遗传方式为共显性，可鉴别纯合体与杂合体；⑥成本不 高，一般实验室均可进行。对于特定探针或引物可引进或根据发表的特定序列自行合成。 各种分子标记的原理和优缺点 第一代分子标记：RFLP RFLP 在20 世纪70 年代已被发现，是发现最早的一种分子标记。1980 年，人类首先将 其用于构建连锁图。 RFLP 标记的原理：植物基因组DNA 上的碱基替换、插入、缺失或重复等，造成某种限 制性内切酶(restriction enzymes，简称RE)酶切位点的增加或丧失是产生限制性片段长度 多态性的原因。对每一个DNA ／RE 组合而言，所产生的片段是特异性的，它可作为某一DNA 所特有的“指纹”。某一生物基因组DNA 经限制性内切酶消化后，能产生数百万条DNA 片段， 通过琼脂糖电泳可将这些片段按大小顺序分离，然后将它们按原来的顺序和位置转移至易于 32 操作的尼龙膜或硝酸纤维素膜上，用放射性同位素(如P )或非放射性物质(如生物素、地高 辛等)标记的DNA 作为探针，与膜上的DNA 进行杂交(即Southern 杂交)，若某一位置上的 DNA 酶切片段与探针序列相似，或者说同源程度较高，则标记好的探针就结合在这个位置上。 放射自显影或酶学检测后，即可显示出不同材料对该探针的限制性片段多态性情况。对于线 粒体和叶绿体等相对较小的DNA 分子，通过合适的限制性内切酶酶切，电泳分析后有可能直 接检测出DNA 片段的差异，就不需Southern 杂交。RFLP 探针主要有三种来源，即cDNA 克 隆、植物基因组克隆(Random Genome克隆，简称RG 克隆)和PCR 克隆。 优点:RFLP 标记具有共显性的特点。共显性(co-dominant)标记指的是双亲的两个以上 分子量不同的多态性片段均在 F 中表现。它已被广泛用于多种生物的遗传分析，特别是构 1 建植物遗传图谱。 缺点：RFLP 分析的探针，必须是单拷贝或寡拷贝的，否则，杂交结果不能显示清晰可 辨的带型，表现为弥散状，不易进行观察分析。RFLP 标记所需 DNA 量大，检测步骤繁琐， 需要的仪器、设备较多，周期长，检测少数几个探针时成本较高，用