9第九章如何从已知靶基因预测与其相互作用的miRNAs.pptVIP

第一PPT模板网， * 如何从已知靶基因预测与其相互作用的miRNAs 主讲人：唐婷婷 什么是miRNAs miRNAs（MicroRNAs）是一种20~25个核苷酸长度的单链小分子RNA，不具有编码功能。它广泛存在于植物、病毒、哺乳动物当中。 成熟的miRNAs是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生，随后组装进RNA诱导的沉默复合体，通过碱基互补配对的方式识别靶mRNA，并根据互补程度的不同指导沉默复合体降解mRNA或者阻遏mRNA的翻译。 本章以大鼠脑源性神经营养因子（brain-derived neurotrophic factor,BDNF）为例，详细讲述如何从已知mRNA预测与其相互作用的miRNAs。预测主要涉及几个常用的生物信息学预测网站，如TargetScan，miRanda，miRDB和miRwalk等。本章将一一叙述上述网站的使用以及人工交集方法。 第一节 用TargetScan预测调控mRNA的miRNAs 首先在搜索栏输入 /进入 ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ 主页。 随后选择预测的物种 Ｒａｔ(图 １)，在 Ｇｅｎｅ ｓｙｍｂｏｌ 栏中输入需要预测的基因名— — ＢＤＮＦ(图 ２)并点击ｓｕｂｍｉｔ。 随后可看到与其有可能互补的 ｍｉＲＮＡｓ 及其 ３′ＵＴＲ 序列的保守性(图 3)，之后下拉页面(图 4)，此时，可根据第五章方法进行 ｍｉＲＮＡｓ 的筛选。 第一节 用TargetScan预测调控mRNA的miRNAs 图 1 第一节 用TargetScan预测调控mRNA的miRNAs 图 2 第一节 用TargetScan预测调控mRNA的miRNAs 图 3 第一节 用TargetScan预测调控mRNA的miRNAs 图 4 第二节 用miRanda预测调控mRNA的miRNAs 首先输入 /microrna/getGeneForm.do进入主页。 随后在 ｔａｒｇｅｔｍＲＮＡ 中输入基因名— — ＢＤＮＦ,并选择相应物种,点击 ＧＯ。（图5） 随之选择你所需的ｔａｒｇｅｔｅｄ ｍＲＮＡ— — ＢＤＮＦ。（图6） 根据需要选择靶基因与 ｍｉＲＮＡｓ 的分数（图7），随后可见不同 ｍｉＲＮＡ 与预测靶基因可见的结合位点?根据需要记录下所需研究的 ｍｉＲＮＡｓ（图8） 第二节 用miRanda预测调控mRNA的miRNAs 图 5 第二节 用miRanda预测调控mRNA的miRNAs 图 6 第二节 用miRanda预测调控mRNA的miRNAs 图 7 第二节 用miRanda预测调控mRNA的miRNAs 图 8 第三节 用miRDB预测调控mRNA的miRNAs 首先输入 ｈｔｔｐ:/ / ｍｉｒｄｂｏｒｇ/ ｍｉＲＤＢ/ 进入主页。 选择靶基因的种属，并输入靶基因的名称— — ＢＮＤＦ(图 9)并点击 ＧＯ 之后则会出现网站预测到的 ｍｉＲＮＡｓ 列表(图 10）点击 Ｄｅｔａｉｌｓ 便可看到此 ｍｉＲＮＡ 与 ＢＤＮＦ 更多信息(图 11） 第三节 用miRDB预测调控mRNA的miRNAs 图 9 第三节 用miRDB预测调控mRNA的miRNAs 图 10 第三节 用miRDB预测调控mRNA的miRNAs 图 11 第三节 用miRDB预测调控mRNA的miRNAs 图 12 第四节 用miRwalk预测调控mRNA的miRNAs 首先输入 ｈｔｔｐ:/ / ｗｗｗ.ｕｍｍ.ｕｎｉ-ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ.ｄｅ/ ａｐｐｓ/ ｚｍｆ/ ｍｉｒｗａｌｋ/ ｉｎｄｅｘ.ｈｔｍｌ 进入主页? 点击 Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ Ｔａｒｇｅｔｓ 下拉菜单中的 Ｇｅｎｅ Ｔａｒｇｅｔｓ(图 12)选择种属，并在 Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ 中输入需要预测的靶基因(ＢＤＮＦ)如图（13）所示勾选选项，点击 ＳＥＡＲＣＨ 之后便出现与 ＢＤＮＦ相关的 ｍｉＲＮＡｓ 的列表(图 14)，下拉后可见一个彩色表格，为其他预测网站预测结果的交集(图 15)。 图 13 第四节 用miRwalk预测调控mRNA的miRNAs 第一PPT模板网， *