50例胃肠道间质瘤患者c—kit和PDGFR—a基因检测和突变研究.docVIP

50例胃肠道间质瘤患者c—kit和PDGFR—a基因检测和突变研究 　　[摘要] 目的 研究分析胃肠道间质瘤（GIST）中c-kit基因及PDGFRα基因突变特点与规律。 方法 用PCR扩增和基因测序的方法检测50例胃肠道间质瘤组织中c-kit基因第9、11、13外显子和PDGFRΑ基因第12、18外显子的序列。 结果 在50例成功检测序列的GIST中共检测到c-kit基因突变32例， PDGFRα基因的突变共检测到2例。 结论 ①大部分的GIST存在c-kit基因的突变，在无c-kit基因突变的GIST中有一部分存在PDGFRα基因的突变。②c-kit基因突变主要集中在第11号外显子。突变的方式频率由高到低依次为点突变、缺失突变和串联重复插入。③胃GIST中c-kit exon11 突变率较小肠、结直肠及胃肠道外GIST的突变率高。 [关键词] 胃肠道间质瘤；c-kit基因；PDGFR-α基因；基因突变 [中图分类号] R735.2 [文献标识码] B [文章编号] 1673-9701（2013）23-0054-03 胃肠道间质瘤（gastrointestinal stromal tumors，GISTs）是胃肠道最常见的间叶源性肿瘤，约占全部胃肠道肿瘤的1%～2%，发病率有不断升高的趋势。21世纪90年代以来，随着Maeda[1]，Huizinga， kindblom， Hirota[2]，Heinrich等为代表的学者们的不懈努力，现已基本阐明其发病机制，GIST中存在c-kit基因功能获得性突变或血小板衍生生长因子受体α （PDGFRα）的基因功能获得性突变，走出了长期以来对该病的认识误区。本文我们收集了深圳市第二人民医院及湘雅医院近几年的胃肠道间质瘤患者手术后肿瘤组织进行基因扩增和直接测序的方法检测肿瘤c-kit基因9、11、13号外显子及PDGFRα基因12、18号外显子的突变情况，分析并揭示胃肠道间质瘤基因突变特点。 1 资料与方法 1.1一般资料 选取深圳市第二人民医院和湘雅医院2008年8月～2012年6月收治的、经手术与病理组织学及免疫组化证实的、资料完整的胃肠道间质瘤病例62例，收集术后肿瘤组织或切片进行基因检测。所有患者术前均未接受化疗、放疗、免疫治疗及其他针对肿瘤的治疗。本组成功检测基因序列50例，12例因未能成功提取基因组DNA予以剔除。 1.2石蜡组织或新鲜肿瘤组织基因组DNA抽提 采用组织/细胞基因组DNA快速提取试剂盒（广州东盛生物科技有限公司）。见图1。引物合成，查阅文献[3]，根据KIT及PDGFRα基因序列（表1），由上海生物工程技术服务有限公司合成。PCR扩增产物，2%琼脂糖凝胶上进行电泳，紫外灯下检测扩增片段检测（图2）。挑选条带明晰的样品送测序。 1.3 突变分析 测序结果与NCBI基因库中c-kit和PDGFRα基因序列进行比对（网址：http：///Genbank/index.html）。 2 结果 2.1基因突变与GIST发生部位的分析 本组50例GIST，肿瘤原发于胃27例，小肠15例，结直肠6例，胃肠道外（包括腹膜、盆腔）2例。通过SPSS分析发现由于原发于结直肠及胃肠道外的病例数较少，单独分为两组无法进行可信的卡方检验，获得可信的结论，因此将结直肠及胃肠道外归为一组进行分析。原发部位与总突变率及c-kit 11外显子突变率之间关系（表2），从表2中可见，基因突变发生率在不同的部位有差异。随后进行两两比较发现，原发于胃组的基因总突变率及c-kit外显子11突变率均较其他部位高，差异具有显著性（χ2=5.061，P = 0.024； χ2=7.346， P = 0.007）；（χ2=4.20，P = 0.04； χ2=8.75，P = 0.013）。 2.2肿瘤大小与基因突变 不同肿瘤大小与总突变率及ckit外显子11突变率的关系见表3，经分析检验，基因总突变率以及c-kit外显子11突变率在不同肿瘤大小间没有差异（χ2=0.079， P =0.961； χ2=0.019， P = 0.991）， 随后根据外显子11不同突变形式分组，比较不同突变形式在不同肿瘤大小间是否有差异，结果发现三者无显著性差异（χ2=0.177，P = 0.915； χ2=0.059，P = 0.971； χ2=0.829，P = 0.661）。 3 讨论 本组本组50例胃肠道间质瘤中共检测到c-kit基因突变32例，其中11号外显子突变30例，占c-kit突变病例的93.8%；9号外显子突变1例，占2.94%，13号外显子突变1例。存在c-kit突变的GIST均有KIT蛋白的表达即CD117均为阳