蛋白质折叠与分子动力学模拟(第一讲).ppt

Inproper Dihedral Angle C – Cα- N-O ξ0= 0 保持平面结构 Cα- N – C-Cβ ξ0= 35.26o 保持四面体构型 Cγ - Cδ1-Cε1-Cζ ξ0= 0 保持六元环平面结构  氨基酸 一级结构 二级结构 结构域 结构域 三级结构 四级结构 科学问题 蛋白质结构与功能关系 蛋白质折叠与蛋白质稳定性 动力学规律与功能关系 分子识别与分子相互作用 酶催化反应机理 蛋白质中电子转移 离子输运 光合反应中心量子产率高于任何已知的光电池 信号传导路径分子相互作用的网络 α，β构象转变分子构象病 蛋白质-核酸相互识别作用基因表达与调控 酶-常温常压下的高效催化剂   酶-底物，配基相互作用 科学-技术规模化地基因克隆、表达、蛋白质分离、纯化、性质鉴定技术；蛋白质晶体生长技术；蛋白质X-射线晶体结构解析技术；蛋白质多维核磁共振波谱结构测定技术；同步辐射技术；核磁共振波谱技术，计算机过程自动控制，生物信息学和计算机辅助药物分子设计。 实验 X-射线晶体衍射 多维核磁共振波谱 电镜三维重构 中子衍射 紫外，红外，CD，拉曼，ESR， 原子力显微镜  细胞生物学 分子生物学 X-射线晶体学 核磁共振波谱学结构生物学计算生物学和生物信息学生物化学 细胞生物学 分子生物学 生物化学物理学 结构生物学 化学 数学 计算机科学 计算生物学生物大分子计算机模拟 客观世界 实验 实验结果 物理模型 计算机实验 模拟结果 计算机模拟二次世界大战期间Los Alamos National Lab.分子动力学模拟 参考书 1、Computer Simulation of Liquid M. P. Allen and D. J. Tildosley，1987 2、Molecular Modelling Principles and Application Adrew R Leach，1996  3、Computer Simulation of Biomolecular Systems Theoretical and Experiment Application, Vol I, II, III，1993 Wilfred F. van Gunsteren, Paul K. Weiner and Anthony J. Wilkinson 4、Computational Biochemistry and Biophysics O. M. Becker, A. D. Mackerell, Jr. B. Roux and M. Watanable 2001 分子力场 基本假设： 忽略电子运动，分子体系能量作为核位置的函数 根据小分子拟合的参数可推广到大分子体系 势函数 原子类型(GROMOS) 43a1溶液, 43b1真空 O C=O NT NH2 OM CO- NL NH3 OA OH 糖，脂 NR 芳环 OW 水 NZ Arg NH2 N NH 肽 NE Arg NH All atom Versus Extended atom C H CH1 CH 联合原子 CH2 CH2 CH3 CH3 CH4 CH4 CR1 芳环碳 HC H Bond Bond Angle 二面角 Dihedral Angle δ ＝ ０或 π Cosδ＝±1.0 n= 1,2,3,4,5,6 sp3-sp3 n=3, δ ＝ ０ sp2-sp2 n=2, δ ＝ π 生物大分子分子动力学模拟 中国科学技术大学生命科学学院 施蕴渝 在大规模测序完成后，由政府部门和工业界参与，国际上开始了新一轮大规模国际合作