基因组规模代谢网络模型的自动化重构 research on the auto-reconstruction of genome-scale metabolic network model.pdfVIP

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2017-11-16 发布于上海
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基因组规模代谢网络模型的自动化重构 research on the auto-reconstruction of genome-scale metabolic network model.pdf

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基因组规模代谢网络模型的自动化重构 research on the auto-reconstruction of genome-scale metabolic network model

基因组规模代谢网络模型的A动化重构柴文平1，薛卫2，张石贵阳1 (1．粮食发酵工艺与技术国家工程实验室江南大学，江苏无锡 214122；2．南京农业大学信息科学技术学院江苏南京210095) 代谢网络模型的方法进行了自动化研究。同时提出了基于反应式字符频度直方图的马氏距离比对算法，并应用于模型整合和模型核心反应的识别。上述自动化方法的研究均在树干毕赤酵母基因组规模代谢网络重构过程中得到运用实施，对于提高模型构建效率意义重大．关键词：基因组规模；代谢网络；自动化重构；直方图中图分类号：TP 391；Q939文献标志码：A 文章编号：1673—1689(2014)09—0957—09 Researchonthe Auto——Reconstructionof Genome—．Scale MetabolicNetwork Model CHAI Wenping一，XUEWei2，ZHANG Liang*1，SHI Guiyanf (1·National forCereal EngineeringLaboratoU Fermention Technology-，JiangnanUniversity，Wuxi214122，China ofIntbrinationScienceand 2·College Technology，NanjingAgricuhural University，Nanjing210095，China) Abstract：Threekindsofmethodsfor reconstructionof metabolicnetwork genome—scale model． which werebasedonKEGGonline databasesandhom01090us database，Uniprot—MetaCyc beenstudiedfor alignment，have the has processautomation．Meanwhile，itan proposed aIgorithm called Mahalanobisdistancewhichwas usedtocalculatethe