系统发生树构建方法综述-计算机应用研究.pdfVIP

第３０卷第３期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ．３０Ｎｏ．３ ２０１３年３月　 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ｍａｒ．２０１３ 系统发生树构建方法综述 １ １ １ ２，３ 郭　静 ，王　超 ，张宏彬 ，陈　肞 （１．扬州工业职业技术学院电子信息工程系，江苏扬州 ２２５１２７；２．扬州大学信息工程学院，江苏扬州 ２２５００９；３．南京大学软件新技术国家重点实验室，南京２１００９３） 摘　要：介绍了系统发生树构建的传统算法，总结了近年来用于构建系统发生树的各种群智能算法，主要包括 蚁群算法、遗传算法和粒子群算法等。最后介绍了目前较新的系统发生网络分析方法，并对未来发展作了展望。 关键词：系统发生树；群智能算法；蚁群算法；遗传算法；粒子群算法；系统发生网络 中图分类号：ＴＰ３０１　　　文献标志码：Ａ　　　文章编号：１００１３６９５（２０１３）０３０６４７０９ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１３６９５．２０１３．０３．００２ Ｒｅｖｉｅｗｏｆｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ １ １ １ ２，３ ＧＵＯＪｉｎｇ，ＷＡＮＧＣｈａｏ，ＺＨＡＮＧＨｏｎｇｂｉｎ，ＣＨＥＮＬｉｎｇ （１．Ｄｅｐｔ．ｏｆＥｌｅｃｔｒｏｎｉｃ＆ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＹａｎｇｚｈｏｕＰｏｌｙｔｅｃｈｎｉｃＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＹａｎｇｚｈｏｕＪｉａｎｇｓｕ２２５１２７，Ｃｈｉｎａ；２．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＹａｎｇｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＹａｎｇｚｈｏｕＪｉａｎｇｓｕ２２５００９，Ｃｈｉｎａ；３．ＮａｔｉｏｎａｌＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＮｏｖｅｌＳｏｆｔｗａｒｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＮａｎｊｉｎｇＵｎｉ ｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１００９３，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｉｓｐａｐｅｒｆｉｒｓｔｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄｔｈｅｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌａｌｇｏｒｉｔｈｍｆｏｒｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ，ａｎｄｔｈｅｎｒｅｖｉｅｗｅｄｔｈｅｓｗａｒｍ ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅａｌｇｏｒｉｔｈｍｓｕｓｅｄｔｏｃｏｎｓｔｒｕｃｔｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｓｉｎｒｅｃｅｎｔｙｅａｒｓ，ｓｕｃｈａｓａｎｔｃｏｌｏｎｙａｌｇｏｒｉｔｈｍ，ｇｅｎｅｔｉｃａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ ａｎｄｐａｒｔｉｃｌｅｓｗａｒｍｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ．Ｆｉｎａｌｌｙ，ｔｈｉｓｐａｐｅｒｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄｔｈｅａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｎｅｔｗｏｒｋｓ，ａｎｄｔｈｅｆｕｔｕｒｅｄｅｖｅ ｌｏｐｍｅｎｔｐｒｏｓｐｅｃｔ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅ；ｓｗａｒｍｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ；ａｎｔｃｏｌｏｎｙａｌｇｏｒｉｔｈｍ；ｇｅｎｅｔｉｃａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ；ｐａｒｔｉｃｌｅｓｗａｒｍｏｐｔｉ ｍｉｚａｔｉｏｎ；ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｎｅｔｗｏｒｋｓ 　　系统发生分析是指根据现有生物基因或物种多样性来重 从公式中可以看出，随着研究物种数目ｎ的增加，可能的 建生物的进化史，是生物信息学中—个非常重要的问题。一个 有根系统发生树和无根系统发生树的数目迅速增加。例如，当 可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序， 用最大似然法构建１５个物种的系统发生树时，可以得到２１３、 有助于了解生物进化的历史和进化机制。进化历史可以表示 ４５８、４６、６７６、８７５棵