功率谱与信噪比快速算法研究.pdfVIP

一、功率谱与信噪比快速算法研究 Voss Zcrve 本章分别建立 ， 以及某实数序列映射下功率谱的快速计算方法． 考虑到Voss序列映射给出的四个指示序列之间不是独立，从而利用降维手 段Voss映射下功率谱的快速计算方法．新的求解方法，计算整个DNA序列的功 率谱序列时只需求解3个指示序列的平方功率谱序列，进一步，只需要求解3个 指示序列的离散Fourier变换．而原有公式需要求解4个指示序列的离散Fourier 变换．考虑到对于很长的DNA序列，在利用离散Fourier变换计算其功率谱或信 噪比时，总体计算量很大．新方法利用指示序列之间的结构，构造处新的求解整 个DNA序列的功率谱序列的公式，减少了离散Fourier变换的次数，进而达到功 率谱快速计算的作用．数值结果表明，新老方法得到的DNA序列的功率谱序列 -12 的结果惊人一致，结果的差值控制在10 以内．这说明新的计算方法是极为精 确的．新老计算方法都能获得清晰的碱基的3-周期的统计现象，适合基因识别问 题的理论研究需要．考虑文献[1]给出的推广的频谱信噪比定义，建立了Voss映 射下信噪比的快速计算方法．引用“基于大量的计算实验表明，一个没有错误符 2 号的、长度为N的DNA序列的总功率为N”的结论，信噪比的计算公式不需要 进行离散Fourier变换，仅需统计DNA序列中核苷酸符号的位置信息．数值结果 表明，新老计算方法得到的DNA序列的信噪比的结果完全一致，结果的差值控 -14 制在10 以内． 建立了Zcrve映射下功率谱的计算方法．比较Voss和Zcrve映射下功率谱的 结果，发现两者数值上有差异，但形态上完全一致．由于Z-curve 映射本身考虑 DNA 3 Fourier 了 指标序列的结构，所以其求解总功率谱只需进行 次有限 变换， 比传统的Voss映射计算效率有大幅提高．并且Zcrve映射具有优越的生物学意义， 其图像能反应出相比Voss映射更明显的碱基的3-周期的统计现象．指出上面提 到的推广的频谱信噪比定义在此处依然适用．建立了某实数序列映射下功率谱的 计算方法．用某实数序列映射下构造DNA序列的功率谱与信噪比的算法，形式 紧凑，数值推导和程序实现简洁明了，特别的，整个计算过程只需计算1次有限 傅里叶变换，从而对快速算法的设计有着极为重要的作用．指出上面提到的推广 的频谱信噪比定义在此处依然适用． 通过考虑离散Fourier变换的线性性质，分析了Zcrve和Voss映射的频谱与 信噪比之间的关系．研究发现,Z-curve 映射下的总功率谱与Voss的相比，功率 谱序列出现差异完全是腺嘌呤核苷酸的分布形态导致的．同时发现Z-curve 和 Voss映射下的信噪比存在简单的线性倍数关系． 1.1 Voss 1.1 Voss 11..11 VVoossss序列映射下的功率谱的快速算法 考虑到Voss序列映射给出的四个指示序列之间不是独立，从而利用降维手 段Voss映射下功率谱的快速计算方法． 在DNA序列研究中，首先需要把A、T、G、C四种核苷酸的符号序列，根 据一定的规则映射成相应的数值序列，以便于对其作数字化处理． 这里采用Voss序列映射方法： 1 对一个长度为N的任意DNA序列，我们分别利用a,c,t,g,来表示‘A’，‘C’， ‘T’，‘G’, 令集合I={A,T,G,C} 这样DNA的符号序列x:x[1],x[2],⋯,x[N],S[n]∈I可以示 x[n]= au [n]+ tu [n]+ cu [n]+ gu [n],n= 0,1,2,...,N− 1 (1.1) A T C G 其中 ⎧1, x[n] = b u [n]= ⎨