越橘果实转录组及R2R3-MYB转录因子分析.pdf

园艺学报，2015 ，42 (12) ：2383 –2394. Acta Horticulturae Sinica doi ：10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0373；http ：//www. ahs. ac. cn 2383 越橘果实转录组及R2R3-MYB转录因子分析 * 宋 杨，刘红弟，张红军 ，窦连登 （中国农业科学院果树研究所，农业部园艺作物种质资源利用重点实验室，辽宁兴城 125100 ） 摘 要：以‘泽西’越橘（Vaccinium corymbosum ‘Jersey ’）不同发育阶段的果实为试材，构建De novo 转录组测序文库并进行数据分析，利用 WebLogo 3 、CLC Sequence Viewer 6 等软件和荧光定量 PCR 技术 对所获数据中的 R2R3-MYB 转录因子进行生物信息学分析和表达分析。结果表明，转录组测序共获得有 效数据 6.01 Gb，通过组装得到Unigene 序列 60 481 个。功能注释结果显示，有 39 612 个 Unigene 可以注 释到 GO 和 COG 等数据库上；20 869 个 Unigene 无匹配信息。利用 GO 和 COG 分类工具可将这些序列 分别划分为 55 个和 25 个功能类别，涉及信号转导和转录调控等功能。利用所获数据分析越橘 R2R3-MYB 基因，结果表明共得到 21 个 R2R3-MYB 。序列分析显示，这21 个基因均含有完整的 R2R3-MYB 区域， 在此区域内 2 （G ）和 4 （W ）等 30 个氨基酸保守不变。进化树分析结果显示，越橘 R2R3-MYB 基因分 为 11 个亚组。其中，S4、S5 和 S6 亚组中有 6 个基因涉及到花青苷生物合成。荧光定量 PCR 结果分析显 示，这 6 个基因在果实发育的 7 个阶段均能表达，但表达模式不同，这 6 个基因可能对越橘果实着色具 有一定作用。 关键词：越橘；转录组测序；R2R3-MYB ；转录因子；生物信息学 中图分类号：S 663.2 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2015 ）12-2383-12 Analysis of Transcriptome and R2R3-MYB Transcription Factors in Blueberry Fruit * SONG Yang，LIU Hong-di ，ZHANG Hong-jun ，and DOU Lian-deng （Research Institute of Pomology ，Chinese Academy of Agricultural Sciences；Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Horticultural Crops （Germplasm Resources Utilization ），Ministry of Agriculture ，P. R. China ，Xingcheng ， Liaoning 125100 ，China） Abstract ：The transcriptomes of blueberry fruit （Vaccinium corymbosum ‘Jersey ’）were analyzed by sequencing transcripts combined from fruits of different development stages. Twenty-one R2R3-MYB genes were identified and further analyzed by WebLogo 3，CLC Sequence Viewer 6 and real-time PCR. In total ，6.01 Gb transcriptomi