山西植物病原镰孢菌种群分布及遗传变异分析-中国农业科学.PDFVIP

中国农业科学 2017,50(10):1802-1816 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.10.006 山西省植物病原镰孢菌种群分布及遗传变异分析 王琳，李新凤，徐玉梅，畅引东，王建明 （山西农业大学农学院，山西太谷030801 ） Fusarium ）ITS、EF-1α和 β-tubulin 3 个基因序列比较分析，筛选适合 摘要：【目的】通过对镰孢菌（ 于镰孢菌种类鉴定的基因序列，并以此序列分析山西省植物病原镰孢菌种群分布及遗传变异情况。【方法】从 2013—2015 年在山西省 11 市 28 县（区）采集分离的 625 株镰孢菌菌株中选取形态学清晰的菌株进行 ITS、 EF-1 α和 β-tubulin 基因序列联合分析，运用 Sequencher 软件对序列进行拼接和校对，将测序结果与 NCBI 及 FUSARIUM-ID 数据库中所有已公布的序列进行 BLAST 分析，结合下载概念清晰或标准种序列，运用 ClustalX 和 GelDoc 软件进行序列对齐和编辑，运用 MEGA、Excel、DNAstar 和 TaxonGap 软件分析镰孢菌种内种间遗传 变异情况，从 ITS、EF-1α和 β-tubulin中筛选适合镰孢菌种类鉴定的基因序列，并以此序列分析山西省镰孢 菌的种群分布特点等。【结果】在 3 个候选基因序列中， EF-1α基因序列是最适用于镰孢菌种类鉴定的基因序 列，其种间平均遗传距离分别是种内平均遗传距离的 24 倍，种内差异小于种间差异的种的数量最多，达到供 试种的 73%，物种鉴定准确率最强，达到 87%。基于 EF-1α基因片段的系统发育分析结果表明，在供试的 27 种镰孢菌中，有 22 种表现出单系性，相同种的不同菌株以较高支持率聚成独立支。在 27 种镰孢菌中，F. oxysporum 是山西省镰孢菌的优势种，分离频率最高（22.1%），且分布最广，在 23 个县（区）均有分布；其 次是 F. solani （13.8%），在 14 个县（区）有分布。从不同地区镰孢菌的种群结构及分布来看，运城、临汾、 忻州、长治、吕梁、晋中和太原均以 F. oxysporum 为优势种，朔州以 F. lateritium 为优势种，大同以 F. solani 为优势种，晋城以 F. verticillioides 为优势种，阳泉以 F. incarnatum 为优势种；其中晋中和忻州的镰孢 菌种类最丰富，临汾次之，朔州最少。从不同寄主镰孢菌的种群结构及分布来看，番茄上镰孢菌的种类最多 （15 种），其次是马铃薯（13 种）和大豆（12 种）；番茄、黄瓜、西瓜、马铃薯、茄子、西葫芦和甘蓝，均以 F. oxysporum 为优势种，大豆和玉米以 F. verticillioides 为优势种，小麦以 F. avenaceum 和 F. graminearum 为优势种。【结论】镰孢菌种内种间存在丰富的遗传变异，其中 EF-1α基因序列的遗传变异最适用于镰孢菌 种类的鉴定，但形态学种和系统发育学种不完全吻合。F. oxysporum 是山西省镰孢菌的优势种，不同地区、 不同寄主上镰孢菌种群存在明显的遗传分化；研究结果可为镰孢菌的分类鉴定、DNA 条形码筛选、检验检疫及 其综合防治提供理论依据。 关键词：镰孢菌；种群分布；种内种间差异；遗传变异；系统发育分析 Analysis of Population Distribution and Genetic Variation of Plant Pathogenic Fusarium in Shanxi Province WANG L