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银屑病相关SNP分析报告（2012.12.3） 作者：沈艺、郭程、李骜 单位：中国科学技术大学信息学院 生物医学工程研究中心 E-mail：aoli@ 一、分析目标简介 本项分析工作的目的是找出与银屑病相关的SNP，并对每个SNP位点进行生物学注释，从而找出来有潜在生物学意义的功能位点。 二、分析方法介绍 2.1、总体分析流程 图1 整个分析的流程图 根据已经报道的GWAS研究工作，寻找收录有银屑病相关SNP的数据。 最终获得了19个有统计显著性的SNP。 利用ENCODE数据库中的注释信息，对获得的19个SNP进行分析，以期找出每个SNP的ENCODE注释信息。在这里，我们共找出了14个有ENCODE注释的SNP。依据ENCODE注释信息的不同，我们将这14个SNP分为三大类，分别列表给出。 2.2、SNP的ENCODE分析 对于每个有统计显著性的SNP的ENCODE分析，是围绕着ENCODE信息中的三类生物学性质展开的（如图2所示），其中染色体状态和表观遗传学修饰直接影响着基因的表达效果，同时，也能为过滤一些无价值的SNP数据提供参考。而功能性区域的分析（如启动子、TF结合位点），能够揭示SNP可能对哪些生物学过程产生影响，便于定位SNP潜在的生物学作用。 图2 利用三大类ENCODE信息分析SNP数据 对应于这三大类性质，分别作了如下分析（分析时，以SNP序列为核心，将SNP上游200bp和下游200bp包含在内，用来考察SNP所处位置的功能。分析工具UCSC数据库，从UCSC数据库中找出SNP序列注释信息）： 如图3所示，我们将从数据库中得到的19个SNP利用ENCODE数据库进行注释分析，得到了14个含有ENCODE注释的SNP结果，这14个SNP结果中含有染色体注释信息的有8条（DNase 敏感型结果信息和染色体open state信息），含表观遗传学修饰信息的有6条（甲基化修饰结果），含功能性区域注释信息的有5条（TF结合位点）。其中部分SNP同时含有多个ENCODE注释信息，如rs20541。  图3 SNP的ENCODE分析结果 2.3、ENCODE数据分析步骤： 1. 筛选出与银屑病高度相关的SNPs，下面的展示以rs4085613为例 2. 打开ENCODE的主页（http://ENCODE/ENCODE/） 3. 点击侧边栏的“Genome Brower (hg19)” 4. 在Genome Browser中点击“hide all”关闭无关的Track 5. 选择您感兴趣的Track，下面两幅图是我们在分析中使用的参数，可以用于参考 6. 上方的输入框中输入感兴趣的位置。例如rs4085613位于1号染色体的152550018处，我们希望研究其上下游各200bp区域内是否发生修饰，那么，位置为chr1:152549818-152550218 7. 点击go按钮进行查询 8. 如果结果显示该SNP附近有您感兴趣的修饰等，可以利用Table Brower进行进一步的查询（/cgi-bin/hgTables） 9. 例如，我们在Genome Browser中发现该SNP附近有DNaseI超敏位点，希望能找出具体的信息，那么需要调整相应的参数（这里，group选择Regulation，Track选择Duke DnaseI HS，region选择position并填写感兴趣的区域，这里为chr1:152549818-152550218） 10. 点击 get output 11. 如下图将得到想要的信息  2.4、分析结果的图形化显示 为了便于直观观察分析结果，我们针对每一种SNP，给出了详细的ENCODE图形化结果。分析结果中给出了上述所有的分析信息。对应于图像结果的中心位置（红色椭圆标注区），为SNP所在位置。以rENCODE可视化结果为例。SNP在图的最中央，即红色椭圆标注区(下同)。 3、银屑病相关SNP分析结果 3.1、已报道的银屑病相关SNP详细信息 SNP Chr Pos References p-value rs2201841 1PMI3.00E-08 rs4112788 1 152551276 PMI3.00E-10 rs4085613 1 152550018 PMI6.69E-30 r1PMI7E-7 rs6701216 1 152778526 PMI rs20541 5 131995964 PMI5.00E-15 rs3213094 5 158750769 PM