定量蛋白质组技术iTRAQ的前世今生-iTRAQ技术应用进展及实验设计范例.ppt

We have asscess to all top class equipments, * * 癌症不同发展时期的动态蛋白质组研究 20个患者的4个不同发展时期的癌症和癌旁组织 相同的样品混合在一起成为一组样品(一共8组样品) 113 一期癌旁 114 一期癌症 115 二期癌旁 117 三期癌旁 119 四期癌旁 116 二期癌症 118 三期癌症 121 四期癌症 动态比较 静态比较 静态比较 静态比较 静态比较 案例1：iTRAQ单次数据实验 第一维色谱：Agilent 1200 HPLC(强阳离子交换色谱) 第二维LC-MSMS：Eksigent nanoLC+5600Triple TOF (ABI) 分析软件：Proteinpilot 4.0 (ABI) 检索参数：emphasis on biological modifications，cysteine modified with iodoacetamide, trypsin digestion. An automatic decoy database search strategy was employed to estimate the false discovery rate (FDR) using the PSPEP (Proteomics System Performance Evaluation Pipeline Software, integrated in the ProteinPilot Software). 实验参数与结果 案例1：iTRAQ单次数据实验 蛋白鉴定 案例1：iTRAQ单次数据实验 A total of 2116 proteins which identified with more than two peptides (C.I.% 95%) were considered for further analysis 鉴定标准 蛋白数目 5%FDR 2872 1%FDR 2580 Unused-1.3 2402 双肽段 2116 差异表达蛋白列表 差异表达蛋白筛选标准:Proteins with corrected p-values of 0.05 and a fold change of 1.50 or 0.67 were considered to be significantly differentially expressed 案例1：iTRAQ单次数据实验 组别 一期 二期 三期 四期 总共 数目 282 191 197 313 524 案例1：iTRAQ单次数据实验 实验项目报告（中英文双语版本）： 蛋白提取与定量 蛋白酶解与肽段标记 2D-LC-MSMS肽段分离与鉴定 蛋白可靠性确认及差异蛋白筛选 生物信息分析报告（独创英文网页链接版）： 针对差异表达蛋白获取其GO功能信息并绘制GO统计分析图 获取差异表达蛋白参与的pathway功能信息并进行显著性统计分析 根据生物学功能构建蛋白互作图谱 案例1：iTRAQ单次数据实验 [Qiao-Song Yang et al., Mol Cell Proteomics, 2012, 11(12), 1853-1869] 案例2：iTRAQ两次数据实验 Title: Quantitative Proteomic Analysis Reveals that Antioxidation Mechanisms Contribute to Cold Tolerance in Plantain (Musa paradisiaca L. ABB Group) Seedlings 定量蛋白质组分析揭示芭蕉的抗冷机制 一组对照、三组处理、4标记iTRAQ实验，两次生物学重复 案例2：iTRAQ两次数据实验 仪器：Ultimate 3000NanoHPLC+LTQ-Orbitrap Velos (Thermo) 分析软件：Mascot Daemon 2.3 (Matrix Science) 数据库： RNA-Seq data (NCBI submission number SRA054939) 蛋白筛选：Required a protein produced at least two unique peptides that generate a complete iTRAQ reporter ion series 鉴定结果： A total of 3477 distinct were identified with estimated 2% FDR, of which 2682 (77%) were identified in both sets, and 2658 protein