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第八章 差异表达基因筛选和基因功能注释 黄仲曦 基础医学院肿瘤研究所 差异表达基因筛选 实例 两个淋巴细胞株GM14660和GM08925代号为1和2，分别经放射线照射。 放射前记为U（unirradiated state），放射后记为I（irradiated state）。 照射前后各重复提取两份RNA做芯片杂交，记为A和B。 最后得到8张芯片结果：U1A、U1B、U2A、U2B、I1A、I1B、I2A和 I2B。 计算相对差异程度 筛选差异表达基因 观察到的相对差异程度d(i)按大小排序。 随机模拟： 随机置换：为了避免不同细胞株的影响，每次置换都保持每组的4张芯片中2张来自细胞株1而另2张来自细胞株2。总共有36种置换。 每次置换p后计算dp(i)并按大小排序。 期望相对差异程度dE(i)=Σp dp(i)/36。 如果d(i)与dE(i)的距离超过一个给定的阈值Δ，则第i个基因为差异表达基因。 Finding significant genes Plot d(i) vs dE(i) Identify genes which deviate from d(i)=dE(i) by more than a threshold, ? These do not necessarily have the largest change in expression. Can optimize ? with estimate of false positive rate 计算假发现率FDR 以筛选出来的差异表达基因中正的最小d(i)和负的最小d(i)为阈值，记录每次随机置换后超过这两个阈值的基因数，为假发现基因数。 平均36次置换的假发现基因数。 平均假发现基因数除以实际筛选出来的差异表达基因数得到假发现率。 与其它方法比较 用于筛选多组数据的差异表达基因 基因功能注释 DAVID的功能数据库 基因功能分类 基因功能注释图表 确定背景基因（默认为所有基因）。 计算所有功能词汇在输入基因中的富集分值。结果按分值排序。 基因功能注释聚类 采用模糊聚类的办法将功能相似的词汇聚在一起。判断功能相似的依据是它们共享输入基因的数量。 基因功能注释列表 DAVID功能总结 Identify enriched biological themes, particularly GO terms Discover enriched functional-related gene groups Cluster redundant annotation terms Visualize genes on BioCarta KEGG pathway maps Display related many-genes-to-many-terms on 2-D view. Search for other functionally related genes not in the list List interacting proteins Explore gene names in batch Link gene-disease associations Highlight protein functional domains and motifs Redirect to related literatures Convert gene identifiers from one type to another. And more 思考题 SAM如何筛选差异表达基因？ DAVID模糊聚类的基本原理是什么？ * 《微阵列设计与分析》 Tusher VG, Tibshirani R, Chu G. Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response. Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 Apr 24;98(9):5116-21. SAM：Significance Analysis of Microarrays 和 分别代表第i个基因照射前后的平均表达值 S0：使d(i)的变异系数最小的正数 T-test vs. SAM T检验和SAM高度相似 唯一的区别在S0 假定有k组数据。例如k种肿瘤。 代表第k组数据的均值 代表总均值 d(i) = r(i)/(s(i)+s0) Huang da W, Sherman BT, Lempicki RA. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bi