- 1、本文档共22页,可阅读全部内容。
- 2、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
查看更多
大肠杆菌ATP生产基因的系统性全基因组扫描
一. 背景介绍 二. 材料与方法 三. 结果与分析 四. 讨论 大肠杆菌ATP生产基因 的系统性全基因组扫描 一. 背景介绍 作为各种生物反应的能量来源,ATP在所有的活性生物中都扮演着重要的角色。 背景二 背景一 背景三 谷胱甘肽有解毒,抗衰老,保护肝脏,提高免疫力,美容等作用,是一种用途广泛的活性短肽,需要ATP参与合成。 对大肠杆菌的全部基因组,包括ATP调控基因在内的具体功能研究越来越深入。 1. 菌种 用选择性卡那霉素抗性基因替换大肠杆菌K-12 (BW25113)中的每一个非必需基因。 二. 材料与方法 : 含2.8%葡萄糖的LB培养基(LBG),30?°C,培养24小时至稳定期。 菌株 的构建 : 培养 条件: 2.细胞ATP合成活性的检测 二. 材料与方法 步骤2:测OD24h 离心洗涤收集测ODsus 与预处理液混合20min 步骤3: 检测溶液与去污剂混合 混合液A与混合液B混合反应 步骤4: 测发光量 步骤1:菌体培养 混合液A 混合液B 图1. 细胞ATP合成活性的高通量检测技术 二. 材料与方法 二. 材料与方法 3.谷胱甘肽合成活动的检测 菌株转化 菌种培养 离心收集 洗涤 与GLT混合反应 悬浮于GT 中 热失活 取样 定量测量 三. 结果分析 图2. ATP合成活性 图2. ATP合成活性与相关OD24h 插图:OD24h 1.ATP合成活性的讨论 三. 结果分析 图2.ATP合成活性 插图. OD24h 变化范围 2%—445% 15%—169% 标准差 24% 9% 平均值 104% 93% 中间值 104% 94% 高于100%的菌株数 37% 1% 低于90%的菌株数 24% 30% 2. ATP生产基因的分类、鉴定、聚类分析 三. 结果分析 (1). 影响ATP生产的缺失基因的分类 表1 基因分类 编码阻遏物的多于激活子 16/72 比例高 活性最高的3% 活性最低的3% (2) 影响ATP合成的缺失基因的鉴定 三. 结果分析 inc gene name ATP activity (%) OD24?h (%) COG code Description 表2. inc 基因信息 三. 结果分析 表3. dec 基因信息 inc gene name ATP activity (%) OD24?h (%) COG code Description 三. 结果分析 图3.基因的ATP合成活性与OD24h (3) 基因的聚类分析 高OD24h值 的dec基因 低OD24h值 的dec基因 高OD24h值 的inc基因 低OD24h值 的inc基因 inc dec 3.选择ΔptsG菌株合成谷胱甘肽 三. 结果分析 高于2倍 约为1.7倍 1.稳定期细胞浓度 我们检测了6种生长非常缓慢的F1-ATP酶菌株(ΔatpA, C, D, F, G, 和 H),它们在16小时间达到完全生长。 由于并没有检测所有的菌株是否到达稳定期,可能有些菌株未完全生长。 四.讨论 即使如此,这些菌株的ATP合成活性也肯定高于菌株到达完全生长时的活性,因为生长期的活性要高于稳定期的活性。 1.稳定期细胞浓度 增加细胞浓度的基因数目远大于降低作用的数目 四.讨论 实验显示单基因缺失能引起细胞浓度的降低。 当303种生长必需基因缺失加入到3960种被测菌株中时,这个倾向会更为显著。 通过单基因缺失提高大肠杆菌的细胞浓度是很困难的。 2.ATP生产基因的保守性 大约有2600个基因在所有的被检测的23种大肠杆菌菌种中出现 . 实验中,21个inc 基因和20个 dec 基因除了ydcQ只在13个菌种中出现外,其余基因在所有被检测23个菌种中出现。 ATP生产基因对大肠杆菌菌种的发展十分重要。 四.讨论 非常高的保守性 3. “Keio Collection” 功能筛选的潜在影响 1 检测菌株对95种碳源的利用 2比较所有非必需基因缺失菌株的生长速率 3对大肠杆菌K-12的群游活动进行分析 4甘油基本培养基的条件必需基因组的鉴定 四.讨论 以上这些运用“Keio Collection”的系统性全基因组分析鉴定了一些大肠杆菌K-12在不同条件下的基因功能。将来,如果在同样条件下,这些分析有可能展现基因功能和组织途径的多层面信息,以及用表型将基因分组。 结合这些运用通透细胞检测的多重分析,将能设计出一种全基因组
文档评论(0)