基于布尔逻辑的双序列搜索比对算法-计算机工程.PDFVIP

第37 卷 第23 期 计 算 机 工 程 2011 年12 月 Computer Engineering December 2011 Vol.37 No.23 文献标识码文献标识码：：A 文献标识码文献标识码：： 中图分类号中图分类号：：TP391.4 文章编号文章编号：：1000——3428(2011)23——0205——03 中图分类号中图分类号：： ·工程应用技术与实现·工程应用技术与实现·· 文章编号文章编号：： —— —— —— ··工程应用技术与实现工程应用技术与实现·· 基于布尔逻辑的双序列搜索比对算法基于布尔逻辑的双序列搜索比对算法 基于布尔逻辑的双序列搜索比对算法基于布尔逻辑的双序列搜索比对算法 郭郭 宁，宁，冯冯 萍，萍，康继昌康继昌 郭郭 宁宁，，冯冯 萍萍，，康继昌康继昌 (西北工业大学计算机学院，西安 710072) 摘摘 要：要 ：传统双序列比对算法使用动态规划进行序列比对的速度慢 ，且准确性不高。为解决该问题，提出一种基于布尔逻辑的双序列搜索 摘摘 要要 ：： 比对算法。根据一条序列中定长的碱基片段搜索 2 条序列的相似区 ，对相似区进行比对，包括相似区中碱基的比对以及子序列与另一条序 列的比对，并通过并行执行机制实现加速比对。仿真实验结果表明，该算法具有较高的准确性和较好的实时性。 关键词关键词：双序列： ；布尔逻辑；搜索比对；相似区域；现场可编程门阵列 关键词关键词：： Pairwise Sequences Search and Alignment Algorithm Based on Boolean Logic GUO Ning, FENG Ping, KANG Ji-chang (College of Computer Science, Northwestern Polytechnical University, Xi’an 710072, China) 【【Abstract 】】Traditional pairwise sequences alignment algorithms are mostly based on dynamic programming, there are some problems when using 【【 】】 dynamic programming to align for its slow speed and low