Blast软件介绍.ppt

blast软件及常用数据库介绍 BLAST软件及常用数据库介绍 制作人：范燚 BLAST的概述： Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具” ，能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，具有较快的比对速度和较高的比对精度，适用于多种序列比对的情况，在常规双序列比对分析中应用最为广泛。 BLAST的种类 Blastp ：蛋白序列与蛋白库做比对，直接比对蛋白序列的同源性。 Blastx：核酸序列对蛋白库的比对，先将核酸序列翻译成蛋白序列，再与蛋白库做比对。 Blastn：核酸序列对核酸库的比对，直接比较核酸序列的同源性。 Tblastn：蛋白序列对核酸库的比对，将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，比对蛋白序列的同源性。 Tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成蛋白序列，然后对蛋白序。  * * Blast是一个集成的程序包，通过调用不同的比对程序，blast实现了五种可能的序列比对方式 BLAST资源 NCBI主站点： /BLAST/ （网络版） /blast/ （单机版） 其他站点： /blast/ http://nema.cap.ed.ac.uk/ncbi_blast.html /blast/ …… 如何在windows操作系统下安装使用单机版BLAST软件？ STEP1 下载ＢＬＡＳＴ软件 获取ＢＬＡＳＴ数据库 　　　　举例演示 Blast程序的下载地址:? /blast/executables/release/2.2.9/blast-2.2.9-ia32-win32.exe 下载完后，blast-2.2.9-ia32-win32.exe为自解压文件，双击运行后，在当前目录中会释放许多程序。 双击后 获取数据库 登入NCBI网站： / 登入NCBI网站： / 登入NCBI网站： / 点击DateSoftware 获取数据库 BLAST数据库 点击 nt.gz为核酸数据库 nr.gz为非冗余数据库 Month.nt.gz为最近一个月的核酸数据库 右击需要下载的数据库，点击另存为 如何在windows操作系统下安装使用本地BLAST软件？ STEP2 用Blast程序包提供的formatdb工具格式化序列数据成数据库 因为构建的fasta格式的数据库文件必须被formatdb格式化后，才能被BLAST中的blastall、blastpgp、MegaBLAST等程序使用。 为什么要进行格式化？ 格式化的步骤： 1.打开MS-DOS （开始→附件→命令提示符） 2.进入数据库所在的硬盘 3.输入formatdb.exe -i month.nt -p F -o T 再回车 formatdb.exe是所用的程序名 -i （input file）参数用于指定需要格式化的数据库 month.nt是一个blast格式的数据库名 -p (type of file)参数用于指定文件类型，T为蛋白 质，F为核酸，默认为T -o (parse options)参数用于指定是否解析序列ID并创建索引，T为创建，F为不创建，默认为F 原数据库文件 formatdb格式化数据库后，创建三个主要的文件——库索引(indices)，序列(sequences)和头(headers)文件。生成的文件的扩展名分别是：.pin、.psq、.phr（对蛋白质序列）或.nin、.nsq、.nhr（对核酸序列）。 Formatdb命令的参数说明表 一个单独的blast数据库最大只能为4G，如果格式的数据库大于4G，在“-v ”参数未设置的情况下，farmatdb程序会自动对数 据库分卷 ，每卷最大为4G。也可以使用“-v ”参数设置卷的大小，比如下面命令将卷的大小设置为2G : formatdb –i month.nt –p F –v 2000000000 如何在windows操作系统下安装使用本地BLAST软件？ STEP3 执行Blast比对 具体步骤 1.将所需比对的序列转化为fasta格式 2.执行比对命令 3.对比对结果分析 序列的fasta格式是最经常看到的格式之一。 Fasta格式开始于一个标识符：“”，然后是一行描述，下面是一行行的序