基于最小自由能的DNA编码设计算法.PDFVIP

武汉理工大学学报·信息与管理工程版 Vo l. 30 No.2 第 30 卷第2 期 2∞8 年4 月 JOURNAL OF WUT(INFORMATION MANAGEMENT ENGINEERING) Apr. 2008 文章编号:1007 -144X(2008)02 -0176-04 基于最小自由能的 DNA 编码设计算法 张 凯，肖建华，耿修堂，强小利 (华中科技大学控制科学与工程系，湖北武汉 430074) 摘 要:为了提高 DNA 计算的有效性和可靠性，提出了一种启发式的全局搜索 DNA 编码算法。算法生成一 组等长的 DNA 序列，这组DNA 序列满足统一的解链温度约束和最小自由能约束。通过枚举所有可能的DNA 杂交的二级结构，根据 Nearest - Neighbors 热力学模型计算出这些组合结构的最小自由能，可极大地提高 DNA 序列自由能的计算精度。该算法比传统基于汉明距离的 DNA 编码算法设计的 DNA 序列具有更好的稳定性 和可靠性。 关