求解蛋白质折叠问题的变步长拟物算法研究.pdfVIP

2013年 1月 湖北成人教育学院学报 Jan．20l3 第 19卷 第 1期 JournalofHuBeiAdultEducationInstitute Vo1．19 N O．1 求解蛋白质折叠问题的变步长拟物算法 李 庄 (武汉科技大学信息科学与工程学院，湖北武汉，430062) [摘 要]通过模拟物体间相互作用的物理规律 ，提出一种求解蛋白质结构预测问题的新型启发式算法。该方法在每 一 步迭代中，首先利用拟物思想寻找到合理的优化路径，然后在此路径上确定一个有效步长来取得最佳优化效果。若干 典型算例的计算结果表明，变步长拟物算法比常规拟物算法具有更好的收敛速度。 [关键词]蛋白质折叠问题；拟物算法；势能函数；变步长 [中图分类号3o13 [文献标识码]A [文章编号]1673--3878(2O13)O2—019O—O3 1．引言 网格或三维网格的格点上，疏水作用是蛋白折叠中唯一的 蛋白质是由氨基酸分子形成的长链，每一种蛋白质分 重要因素，同时通过计算疏水残基接触的数 目代替构象的 子都有 自己特有的氨基酸的组成和排列顺序，这种氨基酸 能量计算。虽然这样的处理非常简单，但是现实蛋白质链 排列顺序决定了蛋白质特定的空间结构。目前确定蛋 白 的氨基酸不可能都处在格点上，如果在蛋白质模型中取消 质折叠结构的一种途径是通过物理化学的方法直接观测， 氨基酸定位于网格点的限制(去网格模型)，那么蛋白质模 通过这种途径能较容易测出蛋白质链构成，但要观测蛋白 型就可以更真实地模拟出蛋白质的实际构象[2]。此外，现 质的空间结构却十分困难。随着计算机科学技术的进步， 实中不存在二维的物质，在三维空间中模拟蛋白质链的折 人们开始寻求理论计算的方法直接预测蛋白质的空间折 叠比二维模型能够更加贴切地反映真实情况。 叠结构。 我们在三维空间中考虑问题 ，用黑球代表疏水氨基 蛋白质分子结构本身的极端复杂性决定了结构预测 酸，白球代表亲水氨基酸，长度为 的黑白球序列代表蛋 不可能一蹴而就。大家一般通过研究简单抽象模型，以试 白质的氨基酸序列，则蛋白质空间折叠结构的问题可描述 图揭开隐藏在深处的奥秘，其中比较有影响的是由Dill等 为：对于任意给定的正整数和任意被确定了黑自颜色的标 人提出的二维格点模型[I]。本文中采用的一种三维连续 号分别为 的N个半径为 1的球，如何在三维空间中放置 模型[2】，则更接近于蛋白质分子在 自然界的原始形态，也 这N个球 ，使得 )任意两个球之间没有互相嵌入，)标号 能够克服离散空间的非连续性对计算所造成的困难。 相邻的两个球都相切，并且使全部黑球达到尽可能聚合得 拟物算法是借鉴生物、化学、力学等领域内各种物质 紧的状态。 在运动与发展中的演化规律，结合实际问题模塑出来的一 对上述问题的形式化描述为：寻求 3N个实数( ， 种优化算法E 。步长因子的合理选取，减少了搜索过程 1，1)，(x2，y2，22)，…，(zN，YN，N)使得下面的关系式 的盲 目性 ，大大加快了计算速度，是计算过程中一种智能 (1)、(2)得到满足，并且关系式(