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逆转座子与逆转录病毒 10级生物科学 王文飞 从转座子谈起 分类 LTR 逆转座子 LTR 与逆转录病毒 Non- LTR 逆转座子 逆转座子?? 基因组进化的推动力 逆转座子的应用 * 转座子( transposon) 又称转座因子或者跳跃因子, 这类因子实际上也是DNA 片段, 它可以在生物的染色体组中移动, 从染色体的一个位点??跳??到另一个位点, 还可以从一条染色体转移到另外一条染色体上, 从而引起基因功能的改变。转座子根据其增殖方式可以分为两类: 传统上所说的转座因子如玉米( maize) 的Ac/ Ds 、Spm、Mu 转座因子以及矮牵牛( Pctunia hybrida) 的Tam 转座因子是以DNA 到DNA 的方式增殖的, 它们从基因组的一个位点切下后插入基因组的另一个位点从而引起不稳定突变; 而另一类转座因子在增殖和转座时必须以RNA 为中间产物, 即通过mRNA 介导RNA 逆转录在基因组中复制自己[ 5] , 以DNA ??RNA ??DNA 的方式进行, 由于这类转座因子的增殖和转座涉及逆转录过程, 而被称为逆转座子( retrotransposon) , 逆转座子引起的突变为稳定突变。 逆转座子是真核基因组的一个重要组成部分[ 2] , 如玉米, 在几百万年之内, 逆转座子几乎 占了整个基因组的一半, 引起基因组数量的巨大变化[ 3] 。根据逆转座子的结构, 可将其分为两种类型: 长末端重复逆转座子(LTR) 非长末端重复逆转座子( non- LTR) ( Figure1) 。 LTR 逆转座子或者包括两端的长末端重复或者缺少LTRs 而在3?? 末端含有聚腺苷酰化序列。LTR 又可被分为两个主要的类群: Ty1/ copia 和Ty3/ gypsy。Ty1 与Ty3 的不同之处在于整合酶域( IN) 和Pol 的位置。根据env 基因的存在与否, 还可进一步对Ty3/gypsy 进行分类[ 4] 。 LTR 不编码蛋白质, 但包含有对转座起重要作用的启动子和终止子。 逆转录病毒( retrovirus) 无论在结构、编码能力和整合机制上都存在着较高的相似性。它们都有一个gag 和Pol 基因, 编码病毒粒子的帽子( GAG) 和一个逆转录酶( RT) 、核糖核酸酶H(RH) 和整合酶( IN) 以提供从RNA 逆转录到cDNA 并插入到基因组中的所需的酶。它们的不同是逆转录病毒编码一个包膜蛋白, 提供细胞间的运动, 在那儿LTR 逆转座子或者缺少或者包含一个env 基因的残迹, 并重新插入到它原来的基因组中。最近基于编码Pol 蛋白的逆转座子的氨基酸序列的系统进化分析表明这两个类群都是由几个不同的进化枝组成, 这些进化枝之间非常相似[ 5] 。 Non- LTR 逆转座子( 后面称为non- LTR) 已有5 到6 亿多年的历史。哺乳动物的non- LTR 是长的散布的核苷酸元件( LINE) 和短的散步元件( SINE) 。LINE 全长是4~ 6Kb, 一般有两个开放阅读框( ORFs) , 一个编码核酸结合蛋白, 另一个编码核酸内切酶和RT。通过序列分析发现,LINE 可能是最古老的一类逆转座子, 最先的LTR 可能是LINE 获取了LTR 而产生的。SINE 不编码任何具有转座功能的基因, 并且所有已知的SINE 都来源于tRNA, 具有高效复制能力, 可以被LTR 和LINE 所编码的蛋白质整合入基因组。Non- LTR 还与端粒酶表现了明显的系统进化关系和相似的酶活性。随着我们对non- LTR 了解的增多, 真核端粒酶起源于RT 逆转座子似乎变得更加可能[ 6] 真核生物基因组的进化由一系列的过程推动, 其中包括: 不同染色体的打破和重组、基因和片段的复制、外显子功能域的穿梭和基因转化。许多LTR 逆转座子的插入点在一些特异的基因位点上, 如酿酒酵母( Sacchaeomyces cerevisiae ) 的Ty3 元件插入到RNA 聚合酶??( Pol ??) 的转录起始位点的几个核苷酸处[ 7] 。另外, Pol ??的转录因子TF ??B 和TF ??C 对Ty3 的整合也具有重要的作用, Ty1 在Pol ??的转录基因的上游750bp 处[ 8] , Ty5 在端粒的异染色质和沉默配对位点处。Ty5 和一个特异的蛋白伴侣Sir4 一起粘连cDNA 到端粒DNA 上。并且, Ty5( 整合酶域的六个氨基酸) 与Sir4( 临近末端的区域) 的相互作用位点也已被明确。 一些non- LTR 也整合到基因组的特异位点。果蝇( drosophi