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进化基因组学揭示了信号转导和调节微生物化学感受器的保守的结构的决定因素作为一种重要的跨膜信号转导的模型，MCPs已经用遗传，生化检查，和结构技术来广泛研究。然而，信号传递的分子机制仍然不被很好的理解。成百上千的物种的基因组信息的可用性能够在蛋白质序列方面完成功能的鉴定，蛋白质序列在漫长的进化距离是保守的并且因此功能是非常重要的。我们进行了一个大规模的MCP信号和和调节领域家族和已查明的特点的基因比对分析，这似乎是对受体结构和功能的关键。基于域的长度和序列保守，我们确定了7个主要的MCP类别和在胞浆域内的3个不同的结构域：信号转导，甲基化，和灵活捆绑的子域。这个灵活捆绑子域不被认为在MCPs内，是一个似乎对信号传递重要的保守元素。引人注目的是，胞浆域的N和C末端螺旋臂在长度和注册方面对称尽管在整体域长度内有24-64的7-aa域名的戏剧性变化。对称性的丢失在一些MCPs内被观察，在感官模块内伴随着特定变化。每个主要的MCP类别有不同的模特来预测甲基化站点，这被实验数据很好的支持。我们的研究表明MCP胞浆域内的信号和调节功能是紧紧耦合的，并且它们的共同进化已经导致了在不同有机体内的趋化作用机制内的重要多样性。在大肠杆菌内控制趋化性的信号转导系统是调查分子信息学过程的一个重要模型和最好研究的信号传递系统之一在生物中。这个系统的关键特征是高度敏感的，广泛的动态范围，信号集成，内存和适用（1-4）。这个系统的主成分包括化学感受器[甲基接受性趋化性蛋白（MCPs）]；一个组氨酸激酶，CheA；一个耦合受体蛋白，CheW；和受体修饰酶，CheR和CheB，所有都被安排在蛋白质符合体内（5,6）。MCPs监测了各种环境的和胞内信号和控制CheA的活动，这通过同源反应调节，CheY（6）来向鞭毛马达传递信号。MCPs通常被嵌入在细胞质膜中（图.1）和构成了一个细胞外配体结合域和一个链接一个HAMP链接域的细胞质的信号和适应域（7,8）。这个细胞质域包括两个区域包括共价修饰的位点（甲基螺旋1和2）和信号子域，存在于CheA和CheW的绑定。大肠杆菌丝氨酸MCP的Trs（11）和海栖热袍菌的TM1143 (12)的胞浆域的x晶体结构，以及扫描诱变（13），揭示了一个二聚体的四个螺旋束组成了两个对称的反平行盘绕的线圈，没有明显的结构子域和已知的功能域相对应，在每一个已知的结构中。Tsr胞浆域的二聚体在晶体点阵（11,14）中被组成了三聚体，一个由遗传和生化研究（15,16）支持的体系结构和提出作为一个信号复合物的主要元素。和Tsr不一样，TM1143化学感受器的胞浆域的晶体包装揭示了一个二聚体的树立，打开了不同的MCPs可被插入在不同类型的装配体的可能性。MCPs，CheW,和CheA可能形成一个由一个复杂系列的交互作用维持的2D点阵。这些交互作用的确切性质和受体信号的分子机制并不被很好的理解，尽管实验研究同意了在MCPs间的信号放大的交互作用的重要性。此外，在信号机制方面有重要多样性和不同微生物物种间的趋化性调节。例如，在大肠杆菌中，像引诱剂的积极刺激增加抑制了CheA的活动，而在枯草芽孢杆菌，恰恰相反。在大肠杆菌里，MCP去甲基化增加仅回应了消极刺激，但在枯草杆菌中，它发生为了积极和消极刺激（20）。最近获得的数以百计的微生物种类的基因信息学使得区域和位置在蛋白质序列方面得以鉴定，蛋白质序列在漫长的进化距离高度保守并且因此对蛋白质功能非常重要。MCPs在运动型细菌和古细菌中的许多基因甚至在基因数据的爆炸之前已被鉴定（8）。在此研究中，我们使用了一组大规模结合了结构数据分析的基因方法来鉴定MCP胞浆域的主要类别，在功能和结构方面独特的解决子域，并且确定了重要氨基酸残疾结构性和功能性。灵活捆绑子域，之前没有被认为是在MCPs里，似乎对信号转导是一个关键元素。我们的发现表明信号传递和调节功能在MCP胞浆域是紧密耦合的，并且它们的共同进化已经导致了在不同有机体趋化机制方面的重要多样性。结果种类分布和域类。运用方法很好被定义和严格的域边界和比对过程，就像在材料和方法里描述的，我们检测到2125个MCP胞浆域（MCPCD）序列在152个细菌和古生菌的基因组并且构造了多个比对[支持信息（SI）表1和SI数据集1]。MCPCD存在于大部分主要的细菌门和明显缺席在泉细菌门和真核生物（除了冈比亚按蚊，它的存在可能因为原核生物DNA的污染）。MCPCD最显著的特征是成对插入或删除（插入缺失）构成了成倍数的域（图2A），几个连续氨基酸残基的区域（标为a-b-c-d-e-f-g），和双螺旋匝完全对应。基于（i）序列保护和（ii）对称插入缺失的存在，我们现在定义7个主要的MCP类别（图.2A）。七个类别中的三个已经被认可（21）；但是，它们中的一些插入缺失的安置是不正确的因