基于线粒体控制区序列分析我国马鹿亚种的系统进化关系.pdfVIP

2010年6月 第 2期(总第 147期) 草食家畜(季刊) 基于线粒体控制区序列分析 我国马鹿亚种的系统进化关系 涂剑锋 ，杨福合 ，邢秀梅 ，查代明 ，李一清 ‘ (1．中国农业科学院特产研究所 ，吉林 吉林 132109； 2．江苏科技大学生物与环境工程学院，江苏 镇江 212018； 摘 要：测定了6个马鹿亚种和左家型马鹿 线粒体控制 区全序列，并结合 GenBank中四川和西藏马鹿亚 种序列进行分析。结果显示 ：马鹿亚种的控制区序列长度在916～995bp之间，碱基 A+T含量明显高于G+ C，发现 l17个多态位点和长为37~39bp重复单元 ，平均核苷酸 多样度为0．0078，这些表明我国马鹿亚种 间控制区遗传 多样性较为丰富。通过邻接法和最大似然法构建马鹿系统进化树 ，其结果表明：我国马鹿亚 种 明显分为两个进化枝 ，亚种 间的进化关系与其地理位置密切相关。 关 键 词 ：马鹿 ；线粒体控制区；系统进化 中图分类号 ：$865．4+2 文献标识码：A 文章编号 ：1003—6377(2010)02—0026—05 马鹿 (Cervuselaphus)属偶蹄 目、鹿科 、鹿亚科 、鹿 疆农二师三十五团二连鹿场，甘肃马鹿采 自甘肃裕固族 属。马鹿是鹿科动物中分布最广 、种内变异最丰富的种 自治县鹿场，青海马鹿采 自青海祁连县养鹿场。各随机 类 ，全世界共有 22个马鹿亚种 ，在我国有 8个亚种，它 抽取 1份血样作为实验材料；从GenBank引入控制区 们是东北亚种 、青海亚种 、四川亚种 、甘肃亚种 、天山亚 序列：四川马鹿登录号为 AF296812，西藏马鹿登录号为 种、西藏亚种 、阿尔泰亚种和塔里木亚种l】J。关于马鹿亚 AB074553，梅花鹿登录号为EF058308。马鹿mtDNA全 种 的分化和系统进化一直是研究者们感兴趣的内容之 序列登录号：NC_007700 ；基 因组提取试剂盒、胶回收试 一 ， 前人 已从形态学口】、核型和染色体分析l231、血液蛋 白 剂盒 (北京天根生化科技有限公司生产)。 电泳4[1、核DNAI~及线粒体DNA等 方面进行了研究。 1．2 基 因组 DNA提取 线粒体控制区又称 D—loop区，是线粒体基 因组 提取总 DNA，0．7％琼脂糖凝胶 电泳检测 ，于一20℃ (mtDNA)的一段非编码 区，在 mtDNA 的复制和转 录中 保存 。 起着重要的作用。控制区的碱基序列和长度最易发生变 1．3 引物设计和 PCR扩增 异 ，特别适合于种 内或种间的系统进化研究 。本研究通 用 Oligo6．0在控制区序列两端保守位置设计 l对 过测定左家马鹿 、东北马鹿 、阿尔泰马鹿、天山马鹿 、塔 通用引物 ，引物序列为：上游 5-CACCCAAAGCTGAAG 里木马鹿 、青海马鹿及甘肃马鹿控制 区全序列 ，并结合 TTCTAT一3，下游 5一CTCATCTAGGCAT1I1CAGTG一3， GenBank已有四川I马鹿全序列和西藏马鹿部分序列，探 由上海生工合成。反应体系总体积为251~L：模板 DNA 讨我国马鹿亚种问的系统进化关系。 100ng、10xbuffer2．5tzL、dNTP(2．5mol／L)21~L、上 下游 1 材料与方法 引物 (10~mol／lxL)各 lL、1UTaqDNA 聚合 酶 1．1 材 料 (TaKaRa)，加纯水补足。扩增条件 ：94℃预变性 5min， 所有样品均为血样 ，左家马鹿采 自左家中国农科院 94℃变性 30s，56℃复性 30s，72℃延伸 1min，30个循环 ， 特产所茸鹿实验