高性能计算应用领域介绍.ppt

对于Ansys、Nastran、Abaqus等应用 并行度不高，扩展性一般小于16CPU 单个作业对内存的要求很大 单个作业对I/O的空间和性能要求很高 以ANSYS为例 SPARSE----DSPARSE 10 GB/MDOF（in-core） 10 GB/MDOF I/O PCG----DPCG 1 GB/MDOF 0.5 GB/MDOF I/O 对于Fluent、CFX、LS-Dyna等应用 并行效果好 能够在集群环境下并行到超过128个cpu 对内存的需求不强烈 通常1 个cpu core配置1GB 内存即可满足需要。 对本地交换硬盘性能要求不高 一般采用SCSI/SATA硬盘即可 采用高速互联设备可以大幅度提高性能 以Fluent 为例，8个双路计算节点时采用Infiniband 互联设备的性能会比千兆以太网好50%以上。 对于Feko等电磁场分析应用 采用PO/UTD方法，并行效果很好，能够在集群环境下并行到超过128个cpu 采用MoM/FMM方法，并行扩展性不高，小于16cpu 对内存和I/O的要求比隐式有限元程序还要高得多 CAE软件可扩展性 隐式结构力学 MSC.NASTRAN MARC ANSYS ABAQUS/Standard 显式结构力学 LS-DYNA AutoDyn Dytran ABAQUS/Explicit 计算流体力学 Fluent STAR-CD/HPC PowerFLOW CFX CFD-Fastran 计算电磁学 Feko 矩量法/FMM 16cpu PO/UTD 128cpu 声学分析 sysnoise SMP and 集群 SMP服务器适用的领域 基于OpenMP/多线程 需要大量I/O操作 Nastran、Ansys、Abaqus/Standard、Sysnoise、FEKO 集群服务器适用的领域 基于MPI的多进程 扩展性较好 需要分布式任务 Fluent、CFX、 Ls-Dyna、Abaqus/Explicit、FEKO 高密度的多节点集群加infiniband高速网 AMD刀片(2路或4路)加infiniband高速网 1U或2U的AMD机架式服务器加infiniband高速网 非常高的并行加速比，用户可以买尽可能多的节点。 很多软件免费，也没有License的限制，所有成本可花费的硬件采购上。 非常大的网络数据交换量，推荐高速网。 软件开放源代码，技术支持中心可以可以提供软件优化的编译，并且编译针对Infiniband的版本，使硬件效率最大化。 BLAST (MPIBLAST)， FASTA 序列搜寻 ClustalW (ClustalW-MPI) 多序列比对 Palm，Paup，进化发育分析 Hmmer(SPEC CPU2006 INT) Mummer,,TIGR, PHYLIP , RepeatMasker 四路或八路的机器,双路四核也可 不具有大规模的并行能力,不建议高速网 数据量大,读写性能要求高,建议采用磁盘阵列,并行文件系统 DOCK 免费 半柔性对接 AutoDock 免费 半柔性对接(不支持并行) FlexX 商业 Discovery Stuio 商业包含多种尺度的分子对接方法(创腾公司代理) ZDOCK, RDOCK (刚性对接,蛋白质对接)学术版免费 MORDOR, (柔性对接) 通常为几十到几千个配体小分子对一个受体大分子, 如果你起n个进程,通常有一个管理进程,n-1个计算进程,会将工作平均分配,由于每个小分子对受体分子的对接为独立的计算,所以各个对接之间没有耦合，所以非常适合并行计算。 性价比高的高密度服务器。 双路/四路机架式服务器 双路/四路刀片服务器 由于各进程间独立计算，不需要高速网，千兆网就满足要求 生命科学研究中，往往需要借助功能强大的实验仪器，例如测序仪，质谱仪、电镜等等，而这些仪器往往获得数量巨大的原始数据（raw data），这些数据远远超过了人类的认知范畴，需要通过高性能计算机对原始数据进行处理，从而获得在人类认知范畴的实验结果。 测序仪（测定DNA序列）后处理，对应的应用软件为Gapipeline。 质谱仪（获取蛋白质序列）后处理，对应的软件有pFind等等。 电子显微镜后处理，对应的软件有Spider和Eman等。 应用特点和模式与一般的通用软件有一定差别，IO往往会成为运算的瓶颈，需要并行文件系统以及对应用系统的针对的专业方案。 计算量和数据量巨大，对系统的稳定性要求高，一次计算往往要持续几天。 生物领域真正的核心应用，都是国家在生物领域的核心科研院所才会接触得到，由于设备