改进的蚁群算法在2D HP模型中的应用.pdfVIP

维普资讯 第 51卷 第 1期 武汉大学学报 (理学版) Vo1．51 N0．1 2005年 2月 J．WuhanUniv．(Nat．Sci．Ed．) Feb．2005，033～038 文章编号 ：1671—8836(2005)01—0033—06 改进的蚁群算法在 2DHP模型中的应用 何莲莲 ，石 峰”，周怀北 (1．武汉大学 数学与统计学院，湖北 武汉 430072；2．武汉大学 计算机科学学院，湖北 武汉 430072) 摘 要 ：针对蛋白质二维格模型 (2DHP)折叠问题提出了一种改进 的蚁群算法 (AntColonyOptimizationAI— gorithm)，在算法的搜索阶段采用了牵引移动 (pullmoves)的方法 ：首先按照一定规则移动一个或两个顶点的位置 ． 然后将其他顶点沿着链依次向前移动两个位置，一旦达到一个新的有效构象则停止该移动．该方法 的优点是大多 数移动只需改变很少的顶点位置 ，使得改进后的蚁群算法具有较快 的收敛速度 ．求解基准实例的结果表 明，该算法 在保证解的质量的前提下能大大缩短计算时间． 关 键 词：蛋白质折叠 ；格模型；蚁群算法；生物信息学 中图分类号 ：0242．28 文献标识码：A 计算机模拟 中用的最多的是一些简化模型，而简化 0 引 言 模型中最重要 的一类就是格模型 ，这些模型的共 同 特征为：① 单体 (或残基)用一个统一的尺寸代表 ； 由意大利学者DorigoM．等人首先提出的蚁群 ② 键长是统一 的；③ 单体的位置被严格的限制在 算法(AntColonyOptimizationAlgorithm)是受到 格位置上；④ 简化的能量函数 ¨．然而即使是简化 人们对 自然界中真实的蚁群集体行为的研究成果的 模型 ，该 问题仍然是 NP困难 的_l ]． 启发而提 出的一种基于种群 的模拟进化算法，属于 用蚁群算法求解 2DHP模型时，在局部搜索阶 随机型智能搜索算法_l]，它充分利用 了蚁群搜索 段文献E7]采用了单点变异 (pointmutations)和宏 食物的过程与著名的旅行商问题 (TSP)之间的相似 变异 (macromutations)的方法 ，该方法容易产生不 性 ，通过人工模拟蚂蚁搜索食物 的过程 (即：通过个 可行构象；而文献 [8]则采用 了大范 围移动 (1ong 体之间的信息交流与相互协作最终找到从蚁穴到食 物源 的最短路径)来求解 TSP问题 ．自从蚁群算法 rangemove)的方法 ，该方法 的计算量较大．本文结 在 TSP问题 和工作排序 问题 上取得成效以来， 合文献 [13]对此做 了改进，采用 了牵 引移动 (pull 已陆续渗透到其他 问题领域 中，如 图的着色 问题L5J、 moves)的方法 ，该方法 比较简单直观 ，计算量小 ，结 车辆调度 问题 ]、蛋 白质折叠问题_7 等等 ，在许多 果表明改进后的蚁群算法能够大大缩短运行时间． 方面表现出相当好的性能． 蛋 白质是生命活动的重要承担者 ，蛋 白质的生 1 蛋 白质的 2DHP折叠问题 物功能 由其空间结构决定，在天然蛋 白质 中，蛋 白质 的最终构象是 由氨基酸