05第五章 多序列对位排列分析和系谱分析.2010.04.14.0806.pptVIP

多序列比对方法大致分为两类： 基于序列的相似性 基于结构的相似性 两种方法差异较大，各从不同的角度出发，很难说那种更优越。 与大量序列数据相比，三维结构数据非常少，所以很多情况下没有结构数据可用。 “*”表示保守性极高的位点（完全相同、没有替代） “：”表示保守性非常高的位点（只有极少数替代） “.”表示保守性略低的位点（替代少）。 2. 系谱分析（Phylogenetic analysis) 分类学有两个学派： 表征学派：采用生物的不同特征，最初采用的是形态学特征。将生物归入一系列不同等级的分类目录(界、门、纲、目、科、属、种)中。 分子系统学派：利用核酸或蛋白质中提取的信息作为物种特征。 两者的共同点：主张分类应包括众多特征，并采用严格的数学方法进行积分归类。 各种生物基因组测序工作使我们可以从分子水平探索物种的起源及分子的进化，进而探讨基因的功能，生物的进化可以构建分子进化树以阐明。 系统发生学的主要目标： 找出一颗能够正确反映物种或基因（蛋白质）进化以及基因和蛋白质序列同源关系的系统发生树。 推断不同生物体或基因（蛋白质）从他们上一级共同祖先开始分化的具体时间。 2.用大麦Mlo基因（Z83834）编码的蛋白质序列在数据库中检索同源序列，找出与Mlo同源程度最高的另外9条序列。对位排列这10条序列。 3.根据系谱分析，上述10条序列中哪两条序列的同源程度最高？ 4.对下面的生物进行分子进化分析。 * 第五章 多序列对位排列分析和系谱分析 主要应用于分析基因或蛋白质的进化。 通过分析多个基因或蛋白质序列之间的同源性确定它们在进化上的关系。 本章重点难点：多序列分析的基本方法。 1. 多序列对位排列分析 （multiple sequence alignment) 两条序列的对位排列分析中，部分相似的出现可能是偶然现象；多序列对位排列分析中，如果一个区段或者一个氨基酸残基都是保守的，则该区段（氨基酸残基）极可能是起关键的结构或功能作用。 在这种意义上说：两条序列的比对是为了寻找相似，而多条序列的比对则是为了寻找有意义的相似。 核苷酸序列或氨基酸序列 可以发现保守的结构域（重要功能位点？） 多序列排列时允许插入空位 ClustalW：目前公认的的最好的进行 Multiple sequence alignment 的方法之一 Internet 上的许多网站具有ClustalW分析软件 可以下载 对要分析的序列的输入格式有要求，FASTA（Pearson）格式 sequence 1 ATTGCAGTTCGCA …… sequence 2 ATAGCACATCGCA…… 分析方法（举例） 在Swiss Institute Bioinformatics（SIB）的EXPSY分析主页（http://www.expasy.ch）的“Tools and software package” 栏目中点击“Alignment” 在“Alignment” 网页的Sequence alignment－Multiple－CLUSTALW栏目中选择“My Hits”网站 多序列对位排列结果 在ClustalW网页(http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/clustalw)粘贴序列，点击“align” 点击“Optional output formats”中的“clustalw (aln)获得文本格式的排列结果 可修改分析参数 在ClustalW 网页的 “Parameters”修改参数 点击“align”重新排列序列 分析基因或蛋白质的在进化过程中的亲缘关系 系谱树（phylogenetic tree） 有根树（rooted tree) 无根树（unrooted tree） 分析方法（举例1） 在EBI的ClustalW2分析网页(http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html) 输入序列 “ClustalW2 Results”网页展示多序列对位排列结果 3. 上机操作 1.多序列对位排列分析下面5条序列 TOSRT-1 TFLHGELEEEIYMDQPEGFIVPGKEDYVCKLKRSLYGLKQSPRQWYKRFD SFMLSHGFKRSEFDSCVYIKFVNGSPIYLLL Tnt1 AFLHGDLEEEIYMEQPEGFEVAGKKHMVCKLNKSLYGLKQAPRQWYMKFD SFMKSQTYLKTYSDPCVYFKRFSENNFIILLL Rrt1 AFLNGDLEGKVYMAQPKGFVMKGTENMGCRLKRSIYGLKQASRQWYLKFD GTIKKFGFQENVEDNCIY