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基于代谢流平衡模型的
L一谷氨酰胺生物合成机理分析
马 雷 陈 宁
(天津科技大学天津300222)
徐国华
(山东福瑞集团公司 山东莒南)
代谢流分析(帆~)是代谢工程中用以指导遗传操作的重要工作,是代谢网
络分析的基本方法。MFA围绕胞内代谢反应,使用物料衡算方法,对所有主要的
胞内反应建立一个基于化学计量的代谢流平衡模型(MFB),并利用该模型计算
不同途径的代谢流分布。通过分析可以确定胞内途径的刚性节点为及存在的不
同分支选径;计算胞内未知通量;验证其他代谢途径对代谢网络通量分布的影
响;计算最大理论转化率。这对于代谢工程的遗传改造工作和发酵控制具有很
大的指导意义。本文通过建立谷氨酸生物合成的代谢流平衡模型,对代谢网络
进行了定量分析和网络优化分析,并计算出谷氨酸分批发酵中后期的代谢流分
布,以期对谷氨酰胺产生菌的遗传操作和发酵控制提供指导。
1材料和方法
天津科技大学代谢控制发酵研究室保藏菌种。
1.2分析方法
1.2.1发酵液中残糖测定:采用SBA-40系列生物传感分析仪测定。
1.2.2
定。
1.2.3发酵液中氨基酸含量测定:采用日立氨基酸分析仪测定。
2天津短杆菌合成L广谷氨酰胺的代谢流平衡模型的建立
2.1代谢流计算
MFA以拟稳态假设为基础:假设细胞内的中间代谢物均处于拟稳态,即其浓
度变化速率为0。本文采用Joseph
· 102·
物的积累速率,有
(1)
ri(t)=∑ajxj(t)一]akXk(t)
式中,xj(t):第j步反应的反应速率(mmol/L·h)
)【Ic(t):第k步反应的反应速率(mmol/L·h)
ai:第j步反应的反应计量系数,al【:第k步反应的反应计量系数
ri(t):中间代谢物i的积累速率(mmol/L·h)
由拟稳态假定可得ri(t)=0。代谢网络中的m个中间代谢物构成m个代谢
流平衡方程式,写成矩阵形式为:
Ax(t)=0(2)
式中,A: m×n维矩阵,x(t):n×1维矩阵,n:选定的速率总数目。这样
由m个中间代谢物即可得到m个关于速率的约束条件,待解问题的自由度为:F
=n—m,通过实验测出F个不相关速率即可确定胞内整体流量分布,从而对其生
理行为进行定量的描述。
2.2代谢网络的建立
与大肠杆菌不同的是,谷氨酸棒杆菌、黄色短杆菌等微生物中天冬氨酸激酶
是单一的,并且受赖氨酸和劳氨酸的协同反馈抑制,反馈调节易于解除,使育种
过程简单化,故常被用作氨基酸发酵育种的出发菌株[4】。
的各种酶也存在,如PPC(磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶)、PC(丙酮酸羧化酶)、以及
J.VaUino的研究表明谷氨酸棒杆菌在以葡萄
乙醛酸循环的各种酶,但是Joseph
糖或葡萄糖加醋酸为底物的培养基中培养,乙醛酸支路并未出现,这说明TCA
循环仍是谷氨酸菌属发酵过程中的主要氧化途径;研究还表明,在上述培养基
主要回补反应。
由于菌体生长过程中代谢网络复杂,同时我们的主要考察对象为氨基酸的
合成,因此本文中将不考虑细胞生长代谢。
根据以上分析,综合各种文献资料,本文基于以下原则建立代谢网络:1.细
胞处于非生长时期或细胞浓度变化不大可以忽略;2.细胞代谢过程中不存在乙
循环产生的NADPH总数相等;4.在细胞生长不旺盛阶段,由于大量无效循环的
存在,ATP的消耗量和细胞维持能总量并不相等,因此本文不考虑ATP总量的平
· 103·
衡;5.按照固定比例进行的反应以及无分支点的中间反应,简化为一个反应方
程。
2.3代谢流平衡模型的建立
根据以上代谢网络以及各步反应的化学计量平衡式(见附录),各反应速率
具有如下计量关系:
G6P:rl—
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