基因组是通过基因组语言编写生命过程的一个特殊软件研究.pdfVIP

中国科协第81次青年科学家论坛，北京，2003年11月 基因组是通过基因组语言编写 生命过程的一个特殊软件 张治洲 上海交通大学生命科学技术学院BIO—x生命科学研究中心，上海系统生物学研究所，上海，200030 ．zhangzz@sim．edu．cn 摘要：作者假定基因组是一种特殊软件，编写如此高度复杂软件的计算语言是基因组语言。基因组语言本身可能并不复杂， 但是它所编码的生物大分子如蛋白质决定了生命的基本特征，如细胞的复制。本文从软件的几个角度初步探讨了基因组的若 干特征。基因组的软件观可能对后续相关具体研究的开展，并加深认识基因组的本质和规律起到重要作用。 关键词：基因组，软件，语言 Abstract．Genomeis toworkasa softwareandasa software，itshouldhaveitsown supposed special so—complicated computing whichitis written。Theitself notbe itencodes by languagemay necessarilycomplicated：however, language many suchas thatdeterminethe as bio-macromolecules fundamentalfeammsoflife，such ofacell。Thisarticle proteins self-replication discussesseveralissuesof inthecontextofsoftwarestructure。Theviewof asasoftware thenature genome genome mayhelp and be mechanismof to more understood。 genome clearly Keywords：Genome，software，language 1．引言 科学的发展是在还原式研究和综合式研究的交织中进行的。在过去的一百年中，人类在生物、医学等 生命科学的诸多领域中以接近指数增长的方式积累了大量的知识，在二十世纪的末期完成了从以还原式研 究为主流的研究过程到系统研究生命科学的过渡，其标志性事件是人类基因组的破译，从此生命科学进入 了后基因组时代，一个从全基因组角度、高通量角度、信息科学的角度系统地研究生命过程和本质的时代， 生命科学摇身一变正式成了信息学科的座上宾。在这个巨大的转变中，各种物种基因组全序列数据高速增 长，海量的数据铺天盖地，系统生物学就是在这种背景下正式走进我们的研究视野。 中国的生命学科与世界先进水平有相当的距离，这个距离并不能因为我们的科学工作者近年来开始发 时间内还在加大。生物信息学、基因组学、蛋白组学、代谢组学等具体学科必须大力发展，这样一来系统 生物学的发展才有扎实的基础。 在系统生物学研究中，要处理的基本元素就是海量的数据(在相当长的时间内主要是实验数据)。很 显然，对这些数据进行计算处理的学科…一计算生物学是发展系统生物学的一个基本学科。计算生物学在 很大程度上就是生物信息学，是从计算的角度研究、处理和预测生命科学中的诸多问题。在今后的5到10 年内，中国各地的研究机构将在计算生物学的数据和方法上有很大的积累，建立一定数目的生物信息学研 黄德双，张学工，田捷，刘湘军主编 究中心或计算生物学研究中心对中国的生物信息学研究开发意义非常重大。 虽然从大的形式上以信息学科带动生命学科的格局已经出现，但是信息