第十二章 非编码RNA与复杂疾病.pptVIP

* dbSMR是一个分析基因3′UTR上的SNP对miRNA与靶点结合关系影响的数据库。 SNP会影响3′UTR的二级结构，改变柄和茎环的位置与大小，从而影响miRNA与靶点的结合。 通过分析3′UTR上靶点上下游200bp内的SNP对于靶点的二级结构的影响，能够获得SNP对miRNA与靶点结合关系的影响程度。 PolymiRTS通过整合序列多态性位点数据、表型数据和基因表达谱数据来挖掘潜在的可以用于解释表达数量性状位点和表型数量性状位点效应的miRNA靶基因的结合区域上的多态性位点。 当一个靶基因的miRNA结合位点上出现了多态性位点，那么可能会引起基因表达的变异，此时可能会寻找到相应的表达数量性状位点（eQTL），进而基因表达的改变又会引起表型的改变。 * dbSMR是一个分析基因3′UTR上的SNP对miRNA与靶点结合关系影响的数据库。 SNP会影响3′UTR的二级结构，改变柄和茎环的位置与大小，从而影响miRNA与靶点的结合。 通过分析3′UTR上靶点上下游200bp内的SNP对于靶点的二级结构的影响，能够获得SNP对miRNA与靶点结合关系的影响程度。 PolymiRTS通过整合序列多态性位点数据、表型数据和基因表达谱数据来挖掘潜在的可以用于解释表达数量性状位点和表型数量性状位点效应的miRNA靶基因的结合区域上的多态性位点。 当一个靶基因的miRNA结合位点上出现了多态性位点，那么可能会引起基因表达的变异，此时可能会寻找到相应的表达数量性状位点（eQTL），进而基因表达的改变又会引起表型的改变。 * * Ligase：连接酶 * * * RNA测序数据是对提取出的RNA转录本中随机进行的短片段测序，如果一个转录本的丰度高，则测序后定位到其对应的基因组区域的读段也就多，可以通过对定位到基因外显子区的读段计数来估计基因表达水平. 很显然，读段计数除了与基因真实表达水平成正比，还与基因长度成正比，同时也与测序深度即测序实验中得到的总读段数正相关. * 基于miRNA的靶基因的功能富集来预测miRNA的功能 疾病中，异常miRNA通过参与调节靶基因富集的生物学 过程，进而导致功能失调引发疾病。 * 基于miRNA的靶基因的功能富集来预测miRNA的功能 疾病中，异常miRNA通过参与调节靶基因富集的生物学 过程，进而导致功能失调引发疾病。 三、复杂疾病相关lncRNA的计算识别 近些年，RNA-seq等高通量技术确定了大量lncRNA的表达谱。 组织特异的lncRNA可以很容易的预测为和其特异表达的组织相关的疾病有关。对于非组织特异lncRNA，则可以构建其和编码基因的共表达网络。 根据lncRNA基因组位置预测 与miRNA一样，lncRNA和其临近的蛋白编码基因、miRNA等功能分子也具有功能相关性，因此，有相当大概率参与共同疾病。 LncRNADisease集成了该方法，通过输入目前lncRNA的基因组位置，LncRNADisease自动搜索和其临近或重叠的基因或miRNA，并通过OMIM、HMDD等数据库确定该lncRNA可能相关的人类疾病。 四、复杂疾病相关非编码RNA数据资源 * * * * * * * * * * * * * * Human Body Map Project （HBM） * Human Body Map Project （HBM） * /wiki/Long_non-coding_RNA * * * * * * * * 皮尔森相关系数 A hub miRNA signature predicts survival in glioma 前提假设 miRNAs implicated in a specific tumor phenotype will show aberrant regulation of their target genes A key difference from other methods is that we identified dysregulated network edges （regulations）instead of dysregulated nodes （miRNAs）to assemble disease-related signatures. miRNA family 的协同失调作用 包含三个miRNA家族 mir-125, mir-181 和mir-145家族 最小的后验概率为77.4% ，表明这些miRNA和前列腺癌相关 这些基因富集的功能有‘pathways in prostate cancer’, ‘cell adhesion’ and ‘apoptosis’ 等 第五节 复杂疾病非编码RNA的