第三讲 序列比对.pptxVIP

第三讲 序列比对;双序列比对的目的： 同源物鉴定，功能预测;多序列的目的：用于比较基因组研究1） 用于描述一组序列（基因家族）之间的 相似性关系， 以便了解一个基因家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。2） 可构建HMM模型，搜索更多的同源序列，Pfam，prints，prosite，interPro等3） 分析结构用于构建进化树;同源性（homology）- 具有共同的祖先 垂直同源（ortholog） 水平同源（paralog） 同源是定性的！ 相似性（similarity）—序列之间相似的程度 相似是定量的！ 同源序列一般是相似的，相似序列不一定是同源的 ;1）编辑距离：两条序列对应位置上不同字符的个数 2）相似性得分：两条序列对应位置上相同字符的个数 相似分数越高，序列越相似，编辑距离越小，序列越相似 两条序列长度不一致时：空格（Gap）;编辑距离（edit distance);相似性得分 ;替换记分矩阵;（2）蛋白质打分矩阵;计算一个氨基酸变成另一个氨基酸所需的密码子变化的数目而得到 通常为1 或 2 只有Met到Tyr为 3;PAM矩阵（ point accepted mutaion） 基于氨基酸进化的点突变模型 如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高 一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%氨基酸改变但这并不意味100次PAM后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚至可能会变回到原来的氨基酸。 PAM矩阵的制作步骤 构建序列相似（大于85％）的比对 计算氨基酸 j 的相对突变率mj（j被其他氨基酸替换的次数） 针对每个氨基酸对 i 和 j , 计算 j 被 i 替换次数 替换次数除以相对突变率（mj） 利用每个氨基酸出现的频度对j 进行标准化 取常用对数，得到PAM-1(i, j) 将PAM-1自乘N次，可以得到PAM-n;PAM矩阵与BLOSUM矩阵的选择;序列比对的算法;数据库的搜索;Basic Local Alignment Search Tool 直译：基本局部排比搜索工具 意译：基于局部序列排比的常用数据库搜索工具 含义：蛋白质和核酸序列数据库搜索软件系统及相关数据库 用法：以一个或几个蛋白质或核酸序列为检测序列，搜索蛋白质或核酸序列数据库，寻??与检测序列中一个或多个片段具有较高相似性的一组序列，;主要的blast程序;思考几个问题;2013/12/8;2013/12/8; 需要耗费本地机的大量资源 操作也没有网络版直观、方便，需要一定的计算机操作水平;进行本地blast之前的准备;本地blast核心命令;Makeblastdb主要参数;尝试如下命令;尝试如下命令;本次课作业;作业要求