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Wx Gm-6 Rf-3、Rf-4 S-b、S-c、S-d、S-e Xa-4、xa-5、xa-13、Xa-21 基因组学 Genomics §4 Mapping of genes §4.4 分子标记辅助选择 基因定位的目的是为了更好地利用基因。分子标记辅助选择(Marker-assisted selection，MAS)就是利用与基因紧密连锁的分子标记，对目的基因进行辅助选择，从而实现对基因的有效利用。 基因组学 Genomics §4.4 分子标记辅助选择 §4.4.1 基本的原理和条件 分子标记辅助选择(Marker-assisted selection，MAS)就是利用与基因紧密连锁的分子标记，辅助选择目的基因的基因型。 在分子标记辅助选择中，直接选择的是分子标记的基因型，而不是目的基因的基因型，因此利用分子标记选择目的基因的基因型，只是起辅助选择的作用。当分子标记与目的基因紧密连锁时，通过选择分子标记的基因型，可以有效地选择到目的基因的基因型。但当分子标记与目的基因之间的距离较远时，通过分子标记的基因型选择目的基因的基因型的效果就变得较差。分子标记辅助选择的效果取决于连锁的紧密程度。 标记与基因的关系? 基因组学 Genomics 水稻特异亲和基因S-c的分子标记辅助选择 基因组学 Genomics §4.4 分子标记辅助选择 §4.4.1 基本的原理和条件 为了提高分子标记辅助选择的准确率，不但要选择与目的基因紧密连锁的分子标记，而且还要利用目的基因两侧的分子标记。假如某一分子标记与目的基因的距离为5cM，侧该标记与基因之间的重组率约为5%，意味着利用该标记选择目的基因的误差率约为5%。如果某基因两侧各有一个分子标记，其距离均为5cM，侧两标记与目的基因之间同时发生交换的频率为: 5 % x 5% = 0.025 % 考虑到交换之间的干扰，利用这两个标记选择基因的误差率应少于0.025%。这样的误差率是符合育种要求的。 基因组学 Genomics 抗 感 杂 杂 杂 感 杂 抗 感 杂 抗 杂 杂 抗 感 分离群体 分子标记辅助选择 抗性鉴定 结果 基因组学 Genomics §4.4 分子标记辅助选择 §4.4.1 基本的原理和条件 分子标记主要有两类，即RFLP标记和以PCR为基础的分子标记。过去用得较多的是RFLP标记，但RFLP标记在技术上比较复杂，在育种中难以利用。以PCR为基础的分子标记，如STS和SSR等，主要利用的是PCR技术，具有方法简单、时间短、费用少的优点，适合育种上的要求。因此，建立以PCR为基础的分子标记辅助选择的技术体系，将使分子标记辅助选择技术得到切实可行的利用。 MAS在育种上利用的基本条件 基因组学 Genomics §4.4 分子标记辅助选择 §4.4.2 以PCR为基础的MAS 目前已经定位的基因主要是利用RFLP标记进行的，许多基因虽然已经定位，但却难以在育种中利用。为了使这些基因在育种中得到利用，首先需要把RFLP标记转变为PCR标记。 RFLP标记转变为PCR标记 基因组学 Genomics §4.4 分子标记辅助选择 §4.4.2 以PCR为基础的MAS 把RFLP标记转变为以PCR为基础的分子标记，就是把RFLP标记转变为序列标签位点(Sequence tagged site，STS)标记。这个过程包括： （1）对RFLP标记（长度约为0.5-2.5kb）进行末端测序，测序的末端长度通常为100bp-300bp。 （2）利用测序的末端序列设计PCR引物，PCR引物设计的原则与前述的相同。 （3）利用上述设计的PCR引物进行PCR扩增，扩增的产物即为STS标记。STS标记与原RFLP标记具有相同的座位，其片段长度比RFLP标记的长度略短。 STS 标记 基因组学 Genomics Forward primer 5’ GTCGACC TGCAGGTTTA GTCTAGACTC TAGAGGGACG TGCCATCTCT CGAGAGCGTG TGTGTGATGA AATGTTGCTT TTTGGATCTT GCTGGCTTGA TTTGGGCCTT AATCTAATGA AAAATCATCG GTTTCTTCTC TGATCGTTTT AATTTCAGGA TAAGATAATG TGTGGTTTTT GTAG…