CH03胺基酸、胜肽与蛋白质生物化学.ppt

表 3-3 p.86 部分蛋白質含有胺基酸以外之化學基團 有些蛋白質除了胺基酸之外還具有永久結合之化學組成分，這些蛋白質稱為共軛蛋白質（conjugated proteins），其中非胺基酸的部分稱為輔基（prosthetic group）。 共軛蛋白質可就其所含輔基的化學性質為基礎加以分類（表 3-4），例如：脂蛋白（lipoproteins）含有脂質；醣蛋白（glycoproteins）含有糖基；而金屬蛋白（metalloproteins）則含有特定金屬原子。 p.87 總結 3.2 胺基酸可經由肽鍵共價聯結成胜肽與蛋白質。細胞中含有數以千計不同種類的蛋白質，每一種蛋白質都具有不同的生物功能。 蛋白質可以是由長達一百至數千個胺基酸殘基所組成的長多胜肽，然而也有少數天然存在的胜肽是僅由幾個胺基酸殘基所構成的。有些蛋白質是由數個非共價性聯結的多肽鏈（稱為次單元）所組成。 簡單的蛋白質水解後僅會得到胺基酸，共軛蛋白質則含有額外的組成成分如金屬或有機輔基。 p.87 表 3-4 p.87 3.4 蛋白質的結構：一級結構 p.95 蛋白質結構一般被定義成四個層級（如圖 3-23）。 以所有連結胺基酸殘基的共價鍵（主要為胜肽鍵與雙硫鍵）來表示一條多肽鏈的方式稱為一級結構（primary structure）。一級結構最重要的組成元件就是胺基酸殘基的序列。 二級結構（secondary structure）指部分穩定排列的胺基酸殘基被提高層級成為重複使用的結構模型。 三級結構（tertiary structure）則是描述一條多肽鏈在三度空間中的摺疊方式。 當一個蛋白質具有兩個以上的多肽次單元時（即含有兩條以上的多肽鏈），這些次單元在空間中的排列方式即稱為四級結構（quaternary structure）。 FIGURE 1-13 p.95 圖3-23 圖3-23　在蛋白質中結構的層級。一級結構是由藉由胜肽鍵與雙硫鍵連結在一起的胺基酸序列所組成，而所形成的多肽可以再被編排成二級結構的單元。例如：α 螺旋。此螺旋則是多肽摺疊成三級結構中的一部分，而三級結構則為多次單元蛋白形成四級結構中的一個次單元。此圖例為血紅蛋白。 蛋白質之功能決定於其胺基酸序列 大腸桿菌可製造超過 3,000 種不同蛋白質，人類則能製造約 25,000 種不同蛋白質。 在細菌及人類的例子裡，每一個蛋白質均具有一個獨特的立體構造，而此結構也決定了獨特的功能。每一種蛋白質也都具有獨特的胺基酸序列。 推測人類蛋白質中約有 20% 至 30% 之蛋白質是具有多形性的（polymorphic），亦即在不同人類族群中，其胺基酸序列會有差異存在。 p.95 數以百萬計之蛋白質其胺基酸序列已訂定 Frederick Sanger 訂出胰島素多肽鏈之胺基酸序列（圖 3-24）。 DNA中的核苷酸序列與蛋白質中的胺基酸序列是有些許關聯性的。 目前有非常多蛋白質序列是由快速增加的基因體資料庫中之 DNA 序列間接推衍而得，但仍有許多是以傳統定序方法得到的，這樣的方法可以發現這個基因序列的細節，像是在蛋白質合成後所發生的修飾現象。 p.96 FIGURE 1-13 p.96 圖3-24　牛胰島素之胺基酸序列。兩條多肽鏈以雙硫鍵加以聯結。A 鏈之序列在人類、豬、狗、兔及抹香鯨中是完全相同的；B 鏈則在牛、豬、狗、山羊與馬中完全相同。 圖3-24 短多肽可利用自動儀器進行定序 目前有許多方法可用來分析蛋白質之一級構造，也有許多方法可標定或辨識胺基端胺基酸殘基（圖 3-25a）。 p.96 若欲定序整條多肽，最常被使用的化學性方法，是由 Pehr Edman 所開發出來的。 艾德曼降解法（Edman degradation）只會對胜肽之胺基端殘基加以標定並移除之，其餘所有肽鍵仍均保持完整（圖3-25b）。 目前艾德曼降解法可在一種稱為蛋白質定序儀（sequenator） 上進行，機器會將各步驟所需試劑以正確比例確實混勻、分離且決定產物，並記錄結果。 利用艾德曼降解法準確定序之多肽長度是由每個個別化學步驟的效率決定的。 p.97 p.97 圖3-25 大分子蛋白質須先經片段化後始能完成定序 胺基酸定序之效率通常隨著多肽長度增加而遞減。 蛋白質中非常長的多肽必須先打斷成小片段後才能有效地進行定序。 蛋白質會先以化學或酵素方法切割成數個特定的片段。如果有雙硫鍵存在，必須先將其打開。 每個片段都需分別純化後再以艾德曼降解法進行定序。最後，各片段出現在原始蛋白質中之順序將排列好，並決定出雙硫鍵所在之位置。 p.98 打斷雙硫鍵 雙硫鍵的存在會干擾定序的進行。 雙硫鍵也會干擾多肽以化學或酵素方法切割的過