东南大学chapter1-引论.ppt

生物信息学;参考文献;网上资源;第一章生物信息学引论;简介 ; 第一节 引言;概念（狭义）;Bioinformatics;2、生物分子信息 ; 生物信息学主要研究两种信息载体 DNA分子 蛋白质分子 ;Date;Protein Machines ;From the Cell to Protein Machines ;生物分子至少携带着三种信息 遗传信息 与功能相关的结构信息 进化信息;(1)遗传信息的载体——DNA;DNA通过自我复制，在生物体的繁衍过 程中传递遗传信息 ;基因的DNA序列;(2)蛋白质的结构决定其功能;(3) DNA分子和蛋白质分子都含有进化信息;生 物 分 子 信 息;?;第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少 对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。;生物分子信息的特征;3、生物信息学的目标和任务 ;?;分子生物学的三大核心数据库 ;数据源;生物信息学研究意义;主要研究内容;第二节 生物信息学的发展历史;20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算 生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代，生物信息学的真正开端 20世纪70年代到80年代初期 ，出现了一系列著 名的序列比较方法和生物信息分析方法 20世纪80年代以后，出现一批生物信息服务机 构和生物信息数据库 20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速 发展;关于生物信息学发展历程中的重要大事， 请参见下面两个网站的介绍： /Education /BLASTinfo/milestones.html、 /bioinformatics/。;生物信息学国内外发展现状;第三节 人类基因组计划和基因组信息学 ;基因组 ——一个物种中所有基因的整体组成;人类基因组构成——24条染色体和线粒体;人类基因组计划的具体任务可以概括为建立四张图谱 ;Date;遗传图谱（genetic map）又称连锁图谱(linkage map)，它是以具有遗传多态性（在一个遗传位点上具有一个以上的等位基因，在群体中的出现频率皆高于1%）的遗传标记为“路标”，以遗传学距离（在减数分裂事件中两个位点之间进行交换、重组的百分率，1%的重组率称为1cM）为图距的基因组图。遗传图谱的建立为基因识别和完成基因定位创造了条件。;遗传连锁图：通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定它们的相对距离，一般用厘摩（cM，即每次减数分裂的重组 频率为1%） 表示。;物理图谱;1998 年完成了具有52,000个序列标签位点(STS)，并覆盖人类基因组大部分区域的连续克隆系的物理图谱。;序列图谱;大规模基因组测序;大规模测序基本策略;运用计算机软件进行序列拼接;Francis Collins VS. J.Craig Venter;转录图谱 ;通过定位克隆技术寻找疾病基因的过程 ;基因识别 ;模式生物;人类基因组计划的实现对医学事 业的影响 ;基因变异与疾病;基因组多态性;Date;人类基因组计划的实施意义 ;5、我国对人类基因组计划的贡献;又一次成功！ ——水稻基因研究;2、人类基因组计划给生物信息学提出挑战;Date;功能基因组学 ;功能基因组学的研究内容;人类基因组与其它生物基因组比较;例：人与鼠染色体的差别;;生物信息学与新药研制;生物信息学与疾病检测;第四节 蛋白质结构与功能关系的研究 ;基因组计划的不断推进，其结果不仅导致DNA序列数据的迅速增长，也导致蛋白质序列数据的迅速增长。 生物信息学在蛋白组学研究中的主要任务???产生和分析蛋白质的结构，并将结构知识应用于生物学、医学、药学等生命科学领域。 蛋白质空间结构预测。 蛋白质结构是合理药物分子设计的基础。 蛋白质结构是蛋白质工程的基础。;基于生物信息学的新药设计;生物信息学;第五节 目前生物信息学主要研究内容;基因组 数据库 ;2、 数据库搜索及序列比较 ;发现同源分子;3、 基因组序列分析 ;4、基因表达数据的分析与处理;基因芯片;Date;Date;;二维电泳图;5、蛋白质结构预测 ;二级结构预测;空间结构预测;第六节 生物信息学所用的方法和技术 ;1、数学统计方法;2、动态规划方法;3、机器学习与模式识别技术;;4、数据库技术及数据挖掘;5、人工神经网络技术; ;6、专家系统;知识库 ;7、分子模型化技术;Date;8、量子力学和分子力学计算 ;9、生物分子的计算机模拟 ; ;10、因特网（Internet）技术;The end