原核生物的转录与调控.pptVIP

第八章　原核生物的转录和调控;转录 ( transcription ) —— 生物体以DNA为模板按5’?3’方向合成RNA的过程;参 与 转 录 的 物 质：;A. 原核生物的转录;一、转录概述;转录泡的结构 当RNA聚合酶沿DNA模板移动时，它打开泡前的DNA双螺旋（在解链点打开），并在复链点使DNA复原。 转录泡的长度随增长反应阶段而异，在12-20bp之间 (17 bp)，但其中的RNA-DNA杂合双螺旋区域比这个长度要短 (12 bp)。;二、转录的基本过程 1. 识别启动子 RNA聚合酶识别启动子，并在启动子处结合形成一个“转录泡”，转录泡内的DNA双链解开，为RNA合成提供模板。;2. 转录起始 a. 转录起始无需引物。 b. 流产起始：转录起始后直到形成9个核苷酸短链的过程是通过启动子阶段，此时RNA聚合酶一直处于启动子区域，新生RNA链与DNA模板链的结合不够牢固，很容易从DNA链上掉下来并导致转录重新开始，这一过程称为流产起始。 c. 启动子清除：一旦RNA聚合酶成功地合成9个以上核苷酸并离开启动子区域，转录就进入正常的延伸阶段，这一过程称为启动子清除。 d. 通过启动子的时间代表一个启动子的强弱，时间越短表明该基因转录起始的频率越高。;3. 链的延伸 RNA聚合酶沿DNA模板链移动并使新生RNA链不断伸长的过程。大肠杆菌RNA聚合酶的活性一般为每秒50-90个核苷酸。酶移动时局部解旋DNA；酶经过之后， DNA又重新形成双螺旋。 ;4. 链的终止和释放;三、大肠杆菌RNA聚合酶 1. RNA聚合酶的功能 a. RNA合成 b. 合成起始和终止位点的识别 c. 确定与DNA结合位点的结合与脱离的时间等;核心酶 core enzyme;2) ?因子的功能： 使RNA聚合酶特异性地与启动子结合。 大肠杆菌中最常见的?因子是?70 核心酶不能区分DNA的启动子和其它序列，它与DNA非选择性结合形成松散型复合体。?因子是通过将核心酶对非特异序列的亲和力降低104倍，同时增加其对启动子的亲和力来帮助启动子识别的。 RNA链延伸至8-9nt时，?因子会从RNA聚合酶中释放出来，它可以再与其他核心酶结合重新起始转录。;3. RNA聚合酶在细胞内的分布形式 1) 很少有游离的核心酶和全酶 2) 细胞内?因子数量只有核心酶的30%，因此在任何时刻只有1/3的聚合酶能以全酶的形式存在。;四、转录的机制 1. 启动子识别和转录起始 1) 在RNA聚合酶开始链延长前，它与DNA的相互作用经历了4个阶段： a. RNA聚合酶与处于碱基配对状态的启动子序列结合形成闭合复合物。 b. DNA的初始解旋导致DNA与聚合酶形成开放复合物，这一过程称为紧密结合。 c. 进行多次流产起始 d. 起始成功后，聚合酶释放?因子，形成聚合酶-DNA-新生RNA的三聚复合物，RNA链开始延伸。;RNA pol 是如何发现正确的起点而启动基因转录的呢？;1) 启动子的识别取决于共有序列 保守性序列：每个启动子都包括一个能被RNA聚合酶识别的特征DNA序列。 共有序列：是根据保守性序列总结出的一种理想序列，它的每一个位置代表了很多实际序列中最经常发现的碱基。典型的启动子有3个共有序列： -35序列、-10序列和起始点序列;细菌启动子有４个保守性特征： 转录起始点：开始碱基90%是嘌呤，G比A更常见。 -10序列：起始点上游一个6bp区，这个六聚体的中心靠近起始点上游的第10碱基对，它的共有序列是TATAAT。-10序列是RNA聚合酶的牢固结合位点，是聚合酶启动DNA解旋的序列。因此，-10序列可通过影响开放复合物的形成速度而控制转录。 -35序列：也是一个六聚体，其中心位于-35碱基对处，它的共有序列是TTGACA，是RNA聚合酶的识别位点。 -35和-10序列之间的距离十分重要，在90%的启动子中变动在16和18个碱基之间，两序列间为17bp时转录效率最高。;启动子的突变影响它所控制的基因的转录水平而不改变转录产物： 　　下降突变：TATAAT AATAAT 　　上升突变：TATGTT TATATT -35序列的作用是为RNA聚合酶的识别提供信号，而-10序列使复合物由闭合转化为开放。所以我们可以认为-35序列包括一个识别结构域，而-10序列包括一个解链结构域。 起始点周围的碱基序列对起始作用也有影响，起始转录区间（+1→+30）影响RNA聚合酶沿启动子滑动的速度从而影响启动子的强度。;4) 转录起始的效率 不同启动子的起始效率有差异。不同启动子与全酶的结合紧密程度不同，结合的紧密程度与启动子起始转录的效率有关。 转录起始受调节蛋白控制。 启动子上游序列可能增强启动子的活性。 负超螺旋状态有利于转录起始，是因为负超螺旋结构需较少