高山植物黄管秦艽cDNA 文库构建与表达序列标签(EST) 分析.pdf

云 南 植 物 研 究 2009 , 31 (2 ) : 146 ～152 Acta Botanica Yunnanica DOI : 10 .3724?SP. J . 1143 .2009. 08181 高山植物黄管秦艽 cDNA 文库构建与 表达序列标签 ( EST) 分析 尹红菊, 王留阳, 高 茜, 高大海, 张东远, 刘建全 ( 兰州 大学 干旱与 草地 生态教 育部重 点实 验室分 子生 态研究所 , 甘肃 兰州 730 000) 摘要 : 黄管秦艽 ( Gentiana off icinalis ) 是一种重要的藏药高山植物 , 本研究构建了该物种 开花期的 cDNA 文 7 库 。经检测达到中等 cDNA 文库水平 , 文库 滴度为 1.2 ×10 pfu?ml , 重 组率 95 . 9% , 插入片段平均长度大 于 500 bp 。对 343 个随机挑选的重组克隆进行部分测序, 获得的 ESTs 经编辑后共有 181 条有效序列。经生物信 息学方法分析 181 条表达序列标签 (EST) 代表 144 个单克隆序列, 其中55 个与已鉴定的基因同源, 35 个序列与 未鉴定的 EST 匹配, 54 个未找到同源序列; 后两者共有 89 个 EST 序列未发现功能相似 的蛋 白。对 已鉴定的 EST 进行功能分析发现, 相关基因主要编码以下蛋白: 与蛋 白表达相关的占 35% ; 光合作用相关的占22 % ; 新陈代 谢相关的占18% ; 抗性相关的占11% ; 质膜运输和细胞分裂相关的分别占 5% ; 染色体变化和细胞信号转导的 分别占2 % 。根据有效 EST 序列设计引物, 通过 RT-PCR 进一验证了所得 EST 的准确性。这 些研究结果为将来 研究黄管秦艽的功能基因以及该物种与相关物种的群体遗传学、进化生物学等方面提供 了基础 。 关键词 : 黄管秦艽 ; 基因组学 ; cDNA 文库 ; 表达序列标签 ; 龙胆属 中图分类号 : Q 943 文献标识码 : A 文章编号 : 0253 - 2700 (2009) 02 - 146 - 07 cDNA Library Construction and Expressed Sequence Tags ( ESTs) Analyses of an Alpine Plant Species Gentiana off icinalis ( Gentianaceae) YIN Hong-Ju , WANG Liu-Yang , GAO Qian , GAO Da-Hai ,