迟缓爱德华氏菌ecorⅰ核糖体自动化分型与聚类分析.pdfVIP

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2018-08-19 发布于天津
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迟缓爱德华氏菌ecorⅰ核糖体自动化分型与聚类分析

微生物学通报 Oct. 20, 2016, 43(10): 2249−2253 Microbiology China /wswxtbcn tongbao@ DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150881 简报迟缓爱德华氏菌EcoR Ⅰ核糖体自动化分型与聚类分析 1* 2 1 1 1 3 黄新新何苗韩伟沈文淑顾鸣蔡强 (1. 200135) (2. 100084) (3. 314006) 摘要：【目的】对26 株迟缓爱德华氏菌进行自动化核糖体分型，并进行聚类分析。【方法】采用 RiboprinterTM 全自动微生物鉴定系统对分离自斑点叉尾、日本鳗、多宝鱼、比目鱼、斑醴等鮰宿主体内的迟缓爱德华氏菌进行核糖体分型，以限制性内切酶EcoR Ⅰ处理、切割菌株DNA；运用 BioNumerics 软件分析图像数据。【结果】迟缓爱德华氏菌核糖体图谱与数据库中已有信息进行比对，ATCC15947 和BYK00685 的比对相似值0.85 ，分别为0.95 及0.90。条形码经软件分析共产生21 种核糖体条带，聚类分析分为3 个群。条带之间呈现明显的地域性差异和宿主差别。来自北方及南方的菌株除少数几株以外，各自聚集为一个群；所有人源株则分布在第三群。【结论】自动化核糖体分型可以方便快捷地用于不同物种的菌株分型与流行病学追踪溯源。关键词：迟缓爱德华氏菌，Riboprinter 分型，聚类分析 Characterization of Edwardsiella tarda by automated EcoR Ⅰ ribotyping and cluster analysis HUANG Xin-Xin1* HE Miao2 HAN Wei 1 SHEN Wen-Shu1 GU Ming1 CAI Qiang3 (1. Technical Center for Animal, Plant and Food Inspection and Quarantine, Shanghai Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau, Shanghai 200135, China) (2. School of Environment, Tsinghua University, Beijing 100084, China) (3. Yangtze Delta Region Institute of Tsinghua University, Jiaxing, Zhejiang 314006, China) Abstract: [Objective] A total of 26 Edwardsiella tarda isolates were characterized by automated ribotyping and cluster analysis. [Methods] Strains of E . tarda taken from Channel Catfish, Japanese